GSE1902:癌症基因组解剖计划(CGAP)人类LongSAGE

该数据集为癌症基因组解剖计划(CGAP)的SAGE文库集合,收录由CGAP资助或捐赠给CGAP的文库,以人类LongSAGE表达谱数据为主,主题标签涉及表达谱分析、SAGE、肿瘤及平台GPL1485、物种9606

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基因组预测Expression profiling by SAGEGPL14859606
GSE1902: Cancer Genome Anatomy Project (CGAP) Human LongSAGE

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-19

资源简介

GSE1902:癌症基因组解剖计划(CGAP)人类LongSAGE

GSE1902 即 Cancer Genome Anatomy Project(CGAP)Human LongSAGE 数据集,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,在本站归类为肿瘤 / 其他。该数据集代表癌症基因组解剖计划的 SAGE 文库集合,其中收录的文库或由 CGAP 资助产生,或由相关方捐赠给 CGAP。数据以人类 LongSAGE 表达谱为主,主题涉及表达谱分析、SAGE、肿瘤,并关联平台 GPL1485 与物种编号 9606。数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE1902_series_matrix.txt.gz,作者为 R、L、Strausberg,发布时间为 Oct 28 200。整体而言,该数据集适合作为 CGAP SAGE 文库资源的入口,用于了解相关表达谱数据的组织方式与获取途径。

【数据集背景】

该数据集对应癌症基因组解剖计划(CGAP)的 SAGE 文库集合。CGAP 是一个以癌症基因组研究为背景的项目,其 SAGE 文库集合汇集了通过 CGAP 资助产生的文库以及捐赠给 CGAP 的文库。数据集标题明确指向 Human LongSAGE,说明其内容以人类 LongSAGE 数据为主。主题标签包括 Expression profiling by SAGE、GPL1485 和 9606,分别对应表达谱分析方法、平台编号与物种编号。本站将其归入肿瘤 / 其他分类,反映出该资源与肿瘤研究场景的关联。源站描述仅说明该系列代表 CGAP 的 SAGE 文库集合,并交代文库的来源方式,未进一步展开样本构成或实验设计。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE1902_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。该文件以压缩包形式提供,便于下载与传输。主题标签表明数据围绕 SAGE 表达谱分析展开,涉及平台 GPL1485 与物种 9606。数据以人类 LongSAGE 表达谱为主,文库来源包括 CGAP 资助产生或捐赠给 CGAP 的文库。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、文库明细、表达值范围或矩阵字段构成的进一步说明。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 Cancer Genome Anatomy Project (CGAP) Human LongSAGE。作者为 R、L、Strausberg,发布时间为 Oct 28 200。源站描述说明该系列代表 CGAP 的 SAGE 文库集合,文库或由 CGAP 资助产生,或捐赠给 CGAP。关于具体采集方法、样本处理流程、测序或文库构建细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于围绕 SAGE 表达谱分析的相关工作,尤其是与肿瘤研究相关的表达谱数据查阅与整合。主题标签中的 Expression profiling by SAGE 表明其方法学定位,GPL1485 与 9606 分别提供平台与物种维度的索引信息。由于数据集代表 CGAP 的 SAGE 文库集合,也可用于了解 CGAP 资助或受赠文库的组织形式。关于具体分析用途、比较研究或验证场景,源站未提供进一步说明。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE1902_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入。由于数据集仅包含 1 个文件,读取流程相对集中,但仍应注意压缩包解压后的矩阵结构。关于字段含义、编码规范或平台注释的具体对应关系,源站未提供。

【质量与限制】

数据集仅包含 1 个文件,文件样例为系列矩阵压缩包。源站未提供关于数据完整性、缺失值、批次效应或质控指标的说明。文库来源包括 CGAP 资助产生与捐赠两类,源站未说明两类文库在数据质量或处理方式上是否存在差异。发布时间为 Oct 28 200,关于后续更新或版本信息,源站未提供。使用时需注意数据集覆盖范围与字段定义的边界,避免超出源站描述进行推断。

【引用与许可】

作者为 R、L、Strausberg,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式、许可条款或使用限制,源站未提供。使用或再分发前,应自行核对源站的相关政策与授权说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1902

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本系列代表癌症基因组解剖计划(Cancer Genome Anatomy Project)的SAGE文库集合。本文库所含文库或由CGAP资助产生,或捐赠给CGAP。癌症基因组解剖计划(CGAP:http://cgap.nci.nih.gov)是由美国国家癌症研究所(NCI:http://www.nci.nih.gov)建立并管理的跨学科项目,旨在生成解读癌细胞分子解剖结构所需的信息和技术工具。SAGE文库按以下惯例命名:* SAGE_器官_组织学_代码_唯一标识符,例如,SAGE_Colon_adenocarcinoma_CL_Caco2 * 代码:B = bulk(批量);CL = cell line(细胞系);CS = short-term cell culture(短期细胞培养);MD = micro-dissected(显微切割);AP = antibody purified(抗体纯化)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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