GSE186020：验证crRNAs靶向是否影响宿主细胞基因表达
该数据集来自 NCBI GEO（GSE186020），研究 Cas13d 与体外合成的 crRNA 经 lipitoid 脂质纳米颗粒瞬时转染人 A549 肺癌细胞后，crRNA 靶向是否影响宿主细胞基因表达
基本信息
资源简介
GSE186020：验证crRNAs靶向是否影响宿主细胞基因表达
Validate whether the targeting of crRNAs affected the host cell gene expression
该数据集来自 NCBI GEO（GSE186020），研究 Cas13d 与体外合成的 crRNA 经 lipitoid 脂质纳米颗粒瞬时转染人 A549 肺癌细胞后，crRNA 靶向是否影响宿主细胞基因表达。于转染后 48 小时提取细胞 RNA 并进行全细胞 RNA 测序，比较病毒靶向 crRNA（SARS-CoV-2、229E）与非靶向 crRNA 相对 Cas13d 单独表达细胞的转录组谱，并评估 Cas13d 与两条靶向 crRNA 共递送的效果。数据可用于分析 Cas13d/抗病毒 crRNA 对宿主转录组的脱靶影响与特异性（来源 NCBI）。
【数据集背景】
源站首次发布：Oct 15 202。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：我们探究了 crRNAs 的靶向是否影响宿主细胞基因表达。为此，我们使用一种称为 lipitoid 的 LNP，将 Cas13d mRNA 和体外合成的 crRNA 瞬时转染人 A549 肺癌细胞。在感染后 48 小时（48 hpi），我们分离细胞 RNA 并进行全细胞 RNA 测序（RNA-seq）。我们观察到生物学重复之间具有高重现性。我们通过将针对 SARS-CoV-2 或 229E 的病毒靶向 crRNA 以及 NT crRNA 的转录组谱与仅表达 Cas13d 的细胞进行比较，检查了它们的脱靶效应，结果看到高度相似的基因表达谱。此外，共递送 Cas13d 和两条靶向 crRNA 所显示的转录组谱与仅 Cas13d 的转录组谱非常相似。这些数据表明 Cas13d 和抗病毒 crRNAs 具有高度特异性，对宿主细胞转录组的影响极小。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：GPL24676、9606。本站分类：肿瘤。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE186020
【使用注意】
· 源站最后修改于 May 27 202，引用时请注意版本时效。
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- OpenDataLab:
数据说明
我们探究了crRNA的靶向作用是否影响宿主细胞基因表达。为此，我们使用一种称为脂质体的LNP，将Cas13d mRNA和体外合成的crRNA瞬时转染至人A549肺癌细胞中。感染后48小时，我们提取细胞RNA并进行全细胞RNA测序（RNA-seq）。我们观察到生物学重复间具有高重现性。通过将靶向SARS-CoV-2或229E的病毒靶向crRNA以及NT crRNA的转录组谱与仅表达Cas13d的细胞进行比较，我们检查了其脱靶效应，结果发现基因表达谱高度相似。此外，共递送Cas13d和两种靶向crRNA所显示的转录组谱与仅Cas13d的转录组谱非常相似。这些数据表明，Cas13d和抗病毒crRNA具有高度特异性，对宿主细胞转录组的影响极小。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
