囊性纤维化细胞系microRNA全局表达谱及肿瘤、炎症、生长与糖代谢相关失调通路

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE167100

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

分析了来自CFBE41o-（F508del/F508del）和IB3（F508del/W1282X）细胞系的754种人类miRNA的全局表达谱，这两种细胞系携带囊性纤维化最常见的突变。源自正常支气管的16HBE14o-细胞被用作校准品。计算了每种miRNA的相对丰度，倍数变化≥+2或≤-2（p值≤0.05）被认为具有显著性。分别使用miRWalk v.3和DIANA-mirPath v3.0鉴定了miRNA靶基因和KEGG通路，并通过STRING 11.0构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络。在CF细胞系中，有41种miRNA显示出显著变化。8种miRNA仅在CFBE41o-中受到调控，23种仅在IB3中受到调控，提示存在基因型特异性效应。在CFBE41o-和IB3中，有5种miRNA上调，1种下调。这41种miRNA调控的基因涉及癌症、炎症、身体生长、葡萄糖代谢和脂质代谢相关通路。有趣的是，与Ras、TGF-beta、Jak-Stat和胰岛素信号传导相关的关键基因被突出显示。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。