SRSF2 P95H突变Hoxb8永生化GM-CSF细胞系转录组分析[RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE165504

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目前针对RNA剪接突变型髓系肿瘤的策略，主张通过治疗性靶向剪接装置来破坏正常剪接活性。这种方法仅具有适度的增敏作用，且对不携带突变的野生型细胞也具有毒性。为探索与剪接体突变之间可能可利用的遗传相互作用，我们结合数据挖掘与功能筛选，寻找与Srsf2P95H/+突变存在合成致死相互作用的目标。首先，我们对多种髓系疾病（AML、MDS、CMML）中一系列人源和鼠源SRSF2P95H突变样本的错剪接事件进行分析，以鉴定保守的错剪接事件。通过该分析，我们发现DNA修复和细胞周期通路在保守错剪接转录本集中显著富集。与此同时，为从功能上界定Srsf2P95H/+细胞存活与增殖所必需的通路，我们利用Hoxb8永生化R26-CreERki/+ Srsf2P95H/+与R26-CreERki/+ Srsf2+/+细胞系，进行了全基因组混合CRISPR功能缺失筛选。

我们在三个时间点评估了sgRNA代表性的丢失情况：Srsf2P95H/+激活后立即、以及Srsf2P95H/+突变后一周和两周。通路分析显示，DNA损伤应答和细胞周期通路是与Srsf2P95H/+突变相关的顶级合成致死通路之一。基于靶向Cdk6的向导RNA丢失情况，我们发现CDK6抑制剂Palbociclib在Srsf2P95H/+细胞系及原代非永生化lin-cKIT+Sca-1+细胞中，相较于野生型对照表现出优先敏感性。我们的数据强烈提示，细胞周期和DNA损伤应答通路对于Srsf2P95H/+细胞的存活是必需的，并且Palbociclib可能成为靶向SRSF2突变型髓系癌症的替代治疗选择。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。