组蛋白甲基化调控因子PTIP通过调节顺式调控元件乙酰化状态协调炎症反应 [BMDM-RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE163208

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数据说明

包括髓系细胞在内的先天免疫细胞在针对感染的炎症和免疫应答过程中表现出动态的细胞开关。这些过程在不同层面受到严格调控，包括免疫细胞的顺式调控元件。然而，先天免疫细胞顺式调控元件的动态状态在炎症应答过程中如何被控制仍不清楚。本研究发现，组蛋白甲基化调控因子PTIP通过调控增强子和启动子的乙酰化状态来协调巨噬细胞的炎症应答。在脂多糖（LPS）刺激下，原代人源和小鼠巨噬细胞中观察到PTIP表达迅速升高。PTIP缺失抑制促炎基因的转录，并激活抗炎基因的表达。机制上，我们发现PTIP独立于其在组蛋白甲基化中的功能，与乙酰转移酶p300和去乙酰化酶HDACs相互作用，并作为信标分别将它们招募至炎症基因的特定部位。PTIP缺陷改变了炎症基因顺式调控元件的H3K27乙酰化状态。

此外，PTIP与c-JUN形成了一个正向的前馈调控环路。另外，PTIP缺失维持了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的免疫抑制功能，并促进了肿瘤生长。总体而言，我们的发现揭示了PTIP在改变顺式调控区域乙酰化状态及精细调节先天免疫细胞炎症反应中的关键作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。