甲型流感病毒感染肺A549细胞中自噬与mTOR通路激活的全局转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE162295

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数据说明

本文比较了人肺癌细胞A549在感染甲型流感病毒A/Port Chalmers/1/73（H3N2）后，于两种不同病毒与宿主细胞比例（感染复数MOI为1和5）下的转录组动态变化。我们的目标是勾勒出病毒为有效完成复制周期、扩增及释放感染性颗粒而劫持的两大宿主促生存机制——自噬与mTORC2——的激活特征。我们发现，在高病毒载量（MOI5）下，自噬——一种延缓哺乳动物细胞死亡的应激反应机制——在感染后1小时内被激活并受到抑制。自噬下调之后，调控mTORC2的基因迅速被激活；mTORC2是次级细胞存活机制，通过抑制mTORC1（蛋白质合成的主要调控因子，可激活核糖体延伸因子）来促进细胞代谢的低容量状态。在较低MOI（1）下，自噬激活则伴随病毒复制周期而发生。我们发现，在MOI1下感染甲型流感病毒后，ULK1基因表达逐渐上调，同时mTORC1的关键调控因子也被激活。

这样的结果出乎意料，因为mTORC1通过磷酸化ULK1在转录后水平抑制自噬激活通路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。