FD-seq：固定单细胞的微滴式RNA测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE156988

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

当前的高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法无法与多聚甲醛（PFA）固定技术兼容，而后者是一种常用的细胞/组织保存及病毒灭活技术，这阻碍了对需要蛋白质染色和富集的稀有细胞进行转录组分析。在此，我们提出了FD-seq，一种对PFA固定、染色并经FACS分选的单细胞进行高通量RNA测序的方法。我们利用FD-seq解决了病毒学中的两个重要问题。首先，通过分析支持疱疹病毒再激活的稀有细胞群体，我们鉴定出TMEM119介导卡波西肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）——一种肿瘤病毒——的再激活。其次，我们研究了感染冠状病毒OC43的细胞中的先天免疫激活情况，该病毒引起普通感冒，同时也作为研究SARS-CoV-2的更安全的模型病原体。我们发现，促炎细胞因子的诱导——这是SARS-CoV-2感染者严重致病性的主要因素——主要由未感染或低度感染的旁观者细胞驱动，这些细胞暴露于病毒但未能表达高水平的病毒基因。

FD-seq是一种简单的方法，适用于表征感兴趣的稀有细胞群体的转录组，以及研究高防护级别的生物样本，如经PFA灭活后的SARS-CoV-2感染细胞。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。