尤文肉瘤细胞系RD-ES的HDGF ChIP-Seq数据

资源简介

尤文肉瘤细胞系RD-ES的HDGF ChIP-Seq数据

GSE155456 是一个围绕尤文肉瘤细胞系 RD-ES 中 HDGF 蛋白基因组结合位点展开的 ChIP-Seq 数据集，由研究者 Yang 等人提交至 NCBI 的 GEO 数据库，发布时间为 2020 年 7 月 30 日。该数据集以高通量测序方式对 HDGF 在基因组上的占据情况进行检测，旨在结合基因表达谱分析，识别 HDGF 在尤文肉瘤中调控的基因与通路。数据集归入肿瘤/其他类别，物种为人（9606），采用 GPL11154 平台，共包含 1 个数据文件，样例文件为 GSE155456_series_matrix.txt.gz。整体而言，该数据集为研究 HDGF 在尤文肉瘤中的转录调控作用提供了基因组结合层面的实验数据基础。

【数据集背景】

HDGF（肝癌衍生生长因子）被报道参与尤文肉瘤的发生发展过程。为系统解析其在尤文肉瘤中的调控功能，研究者采用 HDGF 抗体进行染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq），在尤文肉瘤细胞系 RD-ES 中检测 HDGF 在基因组上的结合位置，并将 ChIP-Seq 结果与基因表达谱数据相结合，以鉴定受 HDGF 调控的靶基因及相关信号通路。该研究的落脚点在于从基因组占据与转录表达两个层面相互印证，从而更全面地理解 HDGF 在尤文肉瘤中的生物学作用。

【数据内容】

该数据集的核心内容为 RD-ES 细胞中 HDGF 的 ChIP-Seq 测序数据，属于基因组结合/占据谱分析（Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing）类型。数据集共包含 1 个文件，样例文件名为 GSE155456_series_matrix.txt.gz，采用 GZIP 压缩格式存储。主题标签中给出了平台编号 GPL11154 与物种编号 9606，表明数据基于人源样本、在指定高通量测序平台上产生。数据文件以系列矩阵形式组织，便于使用者按样本与特征字段读取和整理。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）的 GEO 数据库，源站标题为“HDGF ChIP-Seq in Ewing sarcoma cell line RD-ES”。实验材料为尤文肉瘤细胞系 RD-ES，实验方法为 HDGF 的染色质免疫共沉淀结合高通量测序。数据由作者 Yang 提交，发布时间为 2020 年 7 月 30 日。源站描述指出，该 ChIP-Seq 实验与基因表达谱分析联合使用，用于识别 HDGF 在尤文肉瘤中调控的基因和通路。

【适用场景】

该数据集适用于研究 HDGF 在尤文肉瘤中的基因组结合特征与转录调控网络，可用于鉴定 HDGF 的直接结合区域及潜在靶基因，并与表达谱数据联合分析以推断其调控的生物学通路。此外，该数据也可作为尤文肉瘤表观遗传与转录调控研究的参考数据，用于与其他 ChIP-Seq 数据集进行比较分析，或用于验证特定候选靶基因的结合证据。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE155456_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式进行解压与读取。建议先在小样本上核对字段结构与编码方式，确认数据读取无误后再进行批量接入与后续分析。分析时可结合基因表达谱数据，对 HDGF 结合区域与差异表达基因进行交叉比对，以筛选候选靶基因与相关通路。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、重复样本数量、测序深度或对照设置的具体信息。该数据集仅包含 1 个文件，样本规模与实验设计细节需以源站记录为准。由于数据仅来自 RD-ES 单一细胞系，其结果的外推需谨慎。使用者在分析前应自行核查数据完整性与字段编码，避免因读取错误导致结论偏差。

【引用与许可】

源站未提供明确的引用规范与许可条款。使用该数据集时，建议引用原 GEO 记录（GSE155456）及作者 Yang 的相关研究，并遵循 NCBI/GEO 的数据使用政策。具体许可信息以源站页面公布内容为准。