肌张力障碍基因THAP1调控DNA双链断裂修复选择[ChIP-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE154726

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Shieldin复合物由SHLD1、SHLD2、SHLD3和REV7组成，可保护DNA双链断裂（DSBs）免受核酸酶切除。Shieldin的末端保护活性在G1期促进有效的非同源末端连接（NHEJ），但在S期可能通过阻断同源重组（HR）而威胁基因组完整性。值得注意的是，Shieldin复合物的倒数第二个组分SHLD1是哺乳动物中丰度最低的蛋白质之一。在此，我们报道转录因子THAP1、YY1和HCF1直接结合于SHLD1启动子，协同维持SHLD1的低基础表达。在功能上，该转录网络确保SHLD1蛋白水平受到控制，从而在生理性DSB修复过程中实现末端保护与末端切除之间的适当平衡。在BRCA1缺陷的背景下，THAP1依赖的SHLD1表达缺失赋予对PARP抑制剂和顺铂的交叉耐药性，并与卵巢癌患者更短的无进展生存期相关。相反，在BRCA2缺陷细胞中THAP1的缺失会增加基因组不稳定性，并与更好的化疗反应相关。

致病性THAP1突变与成人起病的6型扭转性肌张力障碍（DYT6）运动障碍存在因果关联，但其关键疾病靶点尚不明确。我们进一步证实，Thap1相关肌张力障碍的小鼠模型显示Shld1表达降低，同时脑内未修复DNA损伤水平升高。总之，我们的研究首次揭示了一个直接调控双链断裂（DSB）修复选择的转录网络，并发现了DNA损伤与肌张力障碍之间此前未曾料想的联系。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。