错配修复缺陷肠道干细胞基因表达谱数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE153385

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们利用全基因组转录组学和蛋白质组学，从Lynch综合征小鼠模型（Msh2-fl/fl;Villin-Cre）的小肠干细胞及上皮非干细胞中，构建了错配修复（MMR）缺陷型肠道干细胞（ISC）的基因特征。随后，我们在Lynch综合征正常未受累黏膜（UM）、腺瘤（AD）、伴有高级别异型增生的腺瘤（AD-HGD）及肿瘤（T）的RNA-seq数据中验证了这一特征。Lynch综合征肿瘤及伴有高级别异型增生的腺瘤的MMR状态被归类为KO，未受累黏膜为HET，FAP样本为WT。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。