典型肺类癌伴转移：MicroRNAs 在疾病相关适应性免疫调控中的潜在作用：病例研究

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE138708

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景/目的：肺类癌是一种罕见的神经内分泌肿瘤。肺类癌的分子特征尚不明确。microRNA（miRNA）是强有力的基因表达调控因子，在癌症的发生和发展中发挥重要作用。然而，关于miRNA在肺类癌发病机制中的作用知之甚少。我们的目标是鉴定一例具有典型组织学特征且发生转移的罕见肺类癌病例中普遍失调的miRNA，并绘制可能与该疾病发生和发展相关的通路中的miRNA靶基因图谱。方法：使用TaqMan低密度阵列评估miRNA表达谱，该平台包含384个miRNA。我们在肿瘤及其相应的淋巴结转移灶中生成miRNA表达谱，并与参考正常肺组织进行比较。此外，我们在一个独立的、公开可用的外部数据集中验证了miRNA表达（n=19例典型肺类癌；其中2/19为转移性肿瘤，与6例正常肺组织比较，GSE77380）。在此分析之后，应用计算工具进行数据解读。

使用miRTarBase确定miRNA靶基因，随后通过ToppGene Suite分析来识别通路和生物学功能。此外，在第二个独立的外部数据集中验证了受miRNA调控的基因表达（n=13例肿瘤样本，GSE35679）。在两次验证分析中（miRNA和基因），均使用了GEO2R数据分析工具。结果：我们在肿瘤及其配对转移灶中鉴定出15个共同显著下调的miRNA（倍数变化，FC≥2且p<0.05），且在转移病灶中水平进一步下降。miR-126-3p和miR-146b-5p的下调在外部数据集GSE77380中得到验证。此外，受miR-126-3p靶向的SOX2和TCF4基因在来自外部数据集GSE35679的六个典型肺类癌子集中持续过表达。通路分析显示，miRNA miR-126-3p和miR-146

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。