结直肠癌表观基因组学RNA-seq数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE136630

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

增强子异常正逐渐成为结直肠癌的一个关键特征，然而，我们对区分肿瘤的表观基因组模式以及肿瘤间潜在异质性的了解仍然有限。在此，通过对结直肠肿瘤、腺瘤和正常结肠组织进行表观基因组分析，我们鉴定出结直肠癌中独特的调控元件模式，该模式能够可靠地将肿瘤与正常结肠标本区分开来。我们利用正常邻近结肠、腺瘤和腺癌，定义了结直肠癌进展过程中的共享和独特增强子元件。我们验证了重要癌基因如ASCL2和Fzd10的肿瘤特异性增强子的功能特性。NMF聚类在结直肠癌中鉴定出4种表观遗传（EPIC）亚型，其与共识分子亚型（CMS）1相似，但优势在于引入了一种新的表观遗传可识别亚型，该亚型预后和生存较差。基于这一相关性，我们定义并验证了一种针对3种CMS亚型的增强子阻断BETi与通路特异性抑制剂联合治疗策略。

总之，通过全面表征结直肠肿瘤中的染色质状态模式，我们定义了肿瘤演化过程中的表观基因组模式、患者间增强子的异质性，以及针对CMS亚群的联合治疗策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。