BRCA突变携带者及DCIS中肌上皮细胞扰动数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE113795

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们描述了正常肌上皮细胞的基因表达谱和增强子景观，以及BRCA1和BRCA2突变携带者及DCIS中这些特征的扰动情况。我们鉴定了一个由p63和TCF7编排的肌上皮转录调控网络，并通过ChIP-seq确定了这些转录因子的基因组靶点。在健康女性的正常乳腺中，大多数肌上皮细胞共表达p63和TCF7，但在BRCA1突变携带者和DCIS中，这些细胞的频率显著降低。在MCF10DCIS细胞中下调p63会导致肌上皮细胞丢失和侵袭性肿瘤，而TCF7的过表达则促进肿瘤生长。我们的研究结果表明，正常肌上皮细胞功能的丧失促进了原位癌向侵袭性癌的转变，并且可能增强BRCA突变携带者的肿瘤起始。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。