结直肠癌基因表达数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE106535

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

D122p53小鼠（一种D133p53异构体模型）易患肿瘤，具有广泛的炎症和高水平的血清IL-6。为了探究IL-6的作用，我们将∆122p53小鼠与IL-6缺陷小鼠杂交。此处我们展示，IL-6的缺失减少了JAK-STAT信号传导、肿瘤发生率和转移。我们还发现，D122p53激活RhoA-ROCK信号通路，导致肿瘤细胞侵袭，这一过程依赖于IL-6，并可通过抑制JAK-STAT和RhoA-ROCK通路来减少。同样，我们在结直肠癌细胞中显示，Δ133p53激活这些通路，导致侵袭和迁移表型。结直肠肿瘤的基因表达分析显示，与D133TP53 mRNA相关的GPCR信号传导富集。D133TP53 mRNA水平升高的患者无病生存期较短。我们的结果表明，D133p53通过激活JAK-STAT和RhoA-ROCK通路促进肿瘤侵袭，且肿瘤中D133p53高的患者可能从针对这些通路的治疗中获益。在本数据集中，我们包括了35例结直肠癌的基因表达数据。

这些数据用于识别与结直肠肿瘤中D133TP53 mRNA表达相关的富集基因集列表。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。