小鼠结肠炎加速结肠癌进展及姜黄素阻断的转录组变化

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数据说明

炎症与结肠癌的发生高度相关。表观遗传机制在结肠癌的起始和进展中起着重要作用。姜黄素是一种膳食中的癌症预防性植物化学物质，在氧化偶氮甲烷（AOM）和葡聚糖硫酸钠（DSS）小鼠模型中，对抑制结肠炎相关结肠癌（CAC）具有良好效果。在本研究中，我们证实了姜黄素抑制结肠癌的作用。利用Agilent SureSelect Methyl-seq和RNA-seq技术，我们在为期18周的长期结肠癌小鼠模型中，获得了对照组、AOM和DSS诱导组（AOM+DSS）以及AOM和DSS诱导加姜黄素治疗组（AOM+DSS+Curcumin）上皮细胞的单碱基甲基化谱和转录组分析。我们通过两两比较观察到了差异表达基因，并鉴定出涉及姜黄素潜在预防作用的小部分基因的若干通路。这些通路包括LPS/IL-1介导的RXR功能抑制、NRF2介导的氧化应激反应、上皮细胞中的醛固酮信号传导、巨噬细胞中NO和ROS的产生以及IL-6信号传导。

三组的平均DNA甲基化水平也显著不同。基于三组的差异甲基化模式，鉴定出若干基因通路，包括IL-8信号通路、LPS刺激的MAPK信号通路和结直肠癌转移信号通路。在这些甲基化通路和基因中，炎症基因Tnf尤为突出，与对照组相比，AOM-DSS组中其DNA CpG甲基化降低，而有趣的是，姜黄素逆转了CpG甲基化（经焦磷酸测序验证）。这些观察结果分别与RNA-seq中Tnf表达降低以及姜黄素使其表达增加相关（经qPCR验证）。Tnf DNA甲基化的功能作用通过体外荧光素酶转录活性实验得到证实。此外，我们发现一组与

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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