TNF-α处理的脊索瘤细胞系U-CH1和MUG-Chor1表达数据(长期)
该数据集为GSE101867,来源于NCBI,包含TNF-α处理的脊索瘤细胞系U-CH1和MUG-Chor1的长期表达谱数据,使用GPL17692芯片平台,物种为9606(人类)

基本信息
资源简介
TNF-α处理的脊索瘤细胞系U-CH1和MUG-Chor1表达数据(长期)
GSE101867 是一个来源于 NCBI 的基因表达谱数据集,标题为“Expression data from TNF-α treated chordoma cell lines U-CH1 and MUG-Chor1 (Long-term)”,即 TNF-α 处理的脊索瘤细胞系 U-CH1 与 MUG-Chor1 的长期表达数据。该数据集属于肿瘤/其他分类,采用表达谱芯片技术,芯片平台编号为 GPL17692,物种为人类(9606)。数据集由 Sukru Gulluoglu 提交,发布时间为 Jul 25 201,包含 1 个数据文件,样例文件名为 GSE101867_series_matrix.txt.gz。整体而言,该数据集围绕炎症因子 TNF-α 对脊索瘤细胞系基因表达的影响展开,可用于了解脊索瘤在炎症刺激下的转录组变化。
【数据集背景】
源站描述指出,TNF-α 是一种重要的炎症细胞因子。近期研究发现,促进肿瘤的炎症可能成为脊索瘤进展的驱动因素。该数据集正是在这一背景下,对 TNF-α 处理的脊索瘤细胞系 U-CH1 和 MUG-Chor1 进行长期表达谱检测,以观察炎症因子作用下脊索瘤细胞的表达变化。数据集标题中的“Long-term”表明实验关注的是较长时间处理条件下的表达特征。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Expression profiling by array”,即基于芯片的表达谱分析;芯片平台为 GPL17692;物种标签为 9606,对应人类。数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE101867_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。该文件通常汇总样本的表达矩阵信息,具体样本数量、分组设计、探针注释及表达值细节源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集编号为 GSE101867,作者为 Sukru Gulluoglu,发布时间为 Jul 25 201。研究对象为脊索瘤细胞系 U-CH1 和 MUG-Chor1,处理条件为 TNF-α。实验所采用的芯片平台编号为 GPL17692,物种为人类。关于样本培养条件、TNF-α 浓度、处理时长、重复数量及原始数据采集流程等细节,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 TNF-α 炎症刺激下脊索瘤细胞系的基因表达变化,可用于探索炎症相关信号在脊索瘤进展中的潜在作用。由于采用表达谱芯片,适合开展差异表达分析、通路层面的表达模式比较,以及与其他脊索瘤表达数据的对照研究。数据集的人类物种标签和特定细胞系信息,也使其可用于脊索瘤相关转录组研究的参考。具体分析设计需结合样本分组信息,而该信息源站未提供。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE101867_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入。由于该文件为系列矩阵文件,读取后应检查样本列、探针行及表达值编码方式,并结合 GPL17692 平台信息进行探针注释。具体的注释文件、样本分组和标准化方法源站未提供,需在使用时另行确认。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个系列矩阵文件,未提供原始芯片数据或其他辅助文件的说明。样本数量、重复设置、处理时间、TNF-α 剂量及数据分析流程等关键实验细节源站未提供,因此难以独立评估数据的完整性和可重复性。数据集标题标注为“Long-term”,但长期处理的具体时长源站未提供。使用时应结合平台注释和样本信息谨慎解释结果。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Sukru Gulluoglu,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集编号为 GSE101867。关于引用方式、许可条款及使用限制,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE101867
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
TNF-α是一种重要的炎症细胞因子。近期研究表明,肿瘤促进性炎症可能是脊索瘤进展的驱动因素。我们采用微阵列技术在两种脊索瘤细胞系中监测了TNF-α处理一年后基因表达的全局变化。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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