软骨肉瘤中Gli1和Gli2的ChIP-seq数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE100936

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

软骨细胞中过度的Hedgehog信号传导足以导致小鼠形成内生软骨瘤样病变，这些病变可进展为软骨肉瘤。为阐明Hedgehog信号传导激活促进软骨肿瘤形成的潜在机制，我们采用染色质免疫沉淀和下一代测序技术，在原发性人软骨肉瘤中鉴定Gli1和Gli2的靶基因。通过计算机分析对Gli1和Gli2结合区域进行鉴定和表征，包括从头基序分析、与其他转录因子的共定位、与转录起始位点的距离、人与小鼠之间的保守性，以及生物学通路和过程的有监督和无监督分析。我们的结果描绘了软骨肉瘤中Gli1和Gli2推定独特及重叠的靶基因谱。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。