口腔肿瘤发生过程中DNA甲基化变化的全局分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-46802

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：此前涉及先验基因选择的研究已识别出口腔鳞状细胞癌（OSCC）及癌前病变中由DNA甲基化改变导致失调的启动子区域。目前尚未有报道对此类标本的全基因组DNA甲基化模式进行探究，但此类分析对于揭示驱动疾病的新分子因素十分必要。材料与方法：我们评估了取自10例接受OSCC或原位癌（CIS）手术切除患者的30份活检组织的全基因组DNA甲基化模式。从每位患者的病变区域中，我们采集了i）不典型增生、ii）CIS或OSCC、以及iii）邻近正常活检组织。从每份活检组织中分离的DNA使用Illumina HumanMethylation27K平台进行甲基化状态分析。结果：我们的数据表明，口腔癌前病变和OSCC基因组中普遍存在启动子CpG岛的异常甲基化。对所有甲基化数据进行非层次聚类分析显示，正常组织与CIS/OSCC组织之间存在明显的甲基化模式差异（不典型增生活检的结果则分列于两组之间）。

在异型增生和CIS/OSCC组中均发现了多个表现出反复异常DNA甲基化的基因，其中包括WNT和MAPK信号通路中基因的富集。结论：通过在口腔癌前病变最早阶段识别异常DNA甲基化，并在我们分析的队列中发现特定基因/通路的反复表观遗传破坏，我们得出结论：CpG甲基化变化是口腔癌进展的标志，全基因组DNA甲基化分析是更广泛研究的重要组成部分，这些研究旨在寻找生物标志物或潜在可成药靶点，以改善口腔癌的治疗结果。来自30个样本的亚硫酸氢盐转化DNA与Illumina Infinium 27k Human Methylation BeadChip v1.2进行杂交。来自30个口腔癌样本的总RNA与Agilent 4x44k基因表达微阵列进行杂交。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。