HPV相关口咽癌癌前与浸润性上皮改变的基因组范围研究

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-56142

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：过去三十年间，人乳头瘤病毒（HPV）相关口咽癌的发病率迅速上升。与经典的吸烟和饮酒相关疾病相比，此类肿瘤在生物学上表现为一种独立的实体。为获取更多关于HPV阳性/HPV阴性口咽鳞状细胞癌（OSCC）癌前病变通路的信息，我们对经组织病理学确认的肿瘤样本及部位匹配的正常上皮对照进行了全基因组表达谱分析。方法：本前瞻性临床试验（UKCRN11945）纳入24例原发性口咽鳞状细胞癌患者（4例III期，20例IV期）。每份肿瘤组织均由一名组织病理学家评估HPV状态，并通过p16INK4A、通用PGMY PCR、HPV16型特异性DNA及RNA PCR和DNA测序进行分型。新鲜组织样本采用Illumina Bead Array（约47,000个转录本）进行全转录组分析，结果通过定量实时PCR（qRT-PCR）验证。

在另一组由12名OSCC患者组成的队列中，通过对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织进行激光捕获显微切割，得以从原位恶性变区域提取RNA（并配有匹配的正常及浸润性SCC样本）。结果：大多数OSCC患者（28/36）显示出高危型HPV阳性的证据。HPV相关疾病中可预测的RNA表达倍数变化包括p53致癌通路内的多个转录本（如CDKN2A/CCND1）。本研究中发现的其他表达水平发生改变的候选转录本此前尚未在HPV16相关口咽癌中得到确立。这些转录本涉及细胞分化、增殖和侵袭，并与其他致癌通路（SFRP1/CRCT1/DLG2/SYCP2/CRNN）的表达分析数据存在相当大的重叠。SYCP2显示出相对于基线最高且一致的倍数变化

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。