Wilms瘤样本基因表达数据

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-53224

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Wilms瘤（肾母细胞瘤）是一种起源于肾脏祖细胞的儿童肾脏肿瘤。由于胚芽型与不良预后相关，我们通过外显子组和转录组分析对此类Wilms瘤进行了表征。我们检测到影响参与肾脏发育的SIX1/2–SALL1通路、DROSHA/DGCR8微处理器基因的新发复发性体细胞突变，以及MYCN和TP53的改变，后者与极差结局密切相关。DROSHA突变损害RNase III结构域，而DGCR8在RNA结合结构域呈现刻板的E518K突变——两者均可能扭曲miRNA的表达谱。SIX1和SIX2突变影响同源域中的单一热点（Q177R），提示显性效应。在更大队列中，这些突变集中于胚芽型及化疗诱导的退行性肿瘤，后者可能来源于胚芽细胞，且通常以较高的SIX1/2表达为特征。这些发现拓宽了人类癌症基因谱，并可能为Wilms瘤的分层和治疗方向开辟新途径。

选取了53份Wilms瘤样本，用于RNA提取，并在Affymetrix人类基因组U133 Plus 2.0芯片上进行杂交。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。