GCCRI PDX NCH-MN1 脑星形细胞瘤

主题标签:脑星形细胞瘤、PDX模型、突变、拷贝数变异、基因表达、肿瘤。本数据集为肿瘤领域公开数据集,主题涵盖脑星形细胞瘤。

biostudies
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基因组分类脑星形细胞瘤PDX模型突变拷贝数变异基因表达肿瘤
[GCCRI] [PDX] [NCH-MN1] Brain Astrocytoma

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-31

资源简介

GCCRI PDX NCH-MN1 脑星形细胞瘤

该数据集英文名称为 [GCCRI] [PDX] [NCH-MN1] Brain Astrocytoma,在来源站 ebi.ac.uk 上归类于肿瘤 / 其他类别,主题涵盖脑星形细胞瘤、PDX 模型、突变、拷贝数变异、基因表达与肿瘤等方向。数据集围绕脑星形细胞瘤这一肿瘤类型组织,涉及患者来源异种移植(PDX)模型,并关联突变、拷贝数变异和基因表达等分子层面信息,同时指向相关出版物。作为肿瘤领域的公开数据集,其内容面向脑星形细胞瘤的基础与转化研究,为研究者了解该模型的分子特征与实验背景提供入口。以下依据可获得的信息,从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量与限制以及引用与许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

该数据集聚焦脑星形细胞瘤(Brain Astrocytoma)。脑星形细胞瘤属于星形细胞来源的肿瘤,在神经肿瘤研究中常借助模型系统开展分子机制与治疗相关探索。数据集中出现的 PDX 标识表明其与患者来源异种移植模型相关,这类模型通常用于在体内环境中保留肿瘤的生物学特征。数据集名称中的 NCH-MN1 与 GCCRI 等标识指向具体的模型或机构来源,来源站将其描述为脑星形细胞瘤 PDX。数据集由 EMBL-EBI 相关平台收录,并与 UT Health San Antonio Greehey Children's Cancer Research 相关联,说明其产生背景涉及儿童肿瘤研究方向。整体上,该数据集为脑星形细胞瘤研究提供了一个以 PDX 模型为核心的公开数据资源。

【数据内容】

数据集涉及的内容类型包括突变、拷贝数变异与基因表达,这三类信息共同构成对脑星形细胞瘤模型分子特征的描述。突变信息反映基因组层面的序列改变,拷贝数变异信息反映基因组片段拷贝数的增减,基因表达信息则反映转录层面的基因活性状态。数据集主题标签同时包含肿瘤与 PDX 模型,表明数据围绕肿瘤模型展开。源站描述中还出现 publication 字样,说明该数据集与相关出版物存在关联。关于数据的具体样本数量、变异位点数目、表达矩阵规模、文件格式与目录结构等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据集来源于 ebi.ac.uk,由 EMBL-EBI 收录,并遵循其使用条款页面所载的使用条件。源站描述中列出 UT Health San Antonio Greehey Children's Cancer Research,表明数据与该校儿童癌症研究机构相关。数据集标识中包含 GCCRI 与 NCH-MN1,前者与机构名称缩写相关,后者指向具体模型编号。源站描述还提及 PIVOT 与 preclinicalpivot.org,说明该数据集在相关临床前研究资源平台中有对应入口。关于样本采集的具体流程、伦理审批信息、测序或检测平台、数据处理步骤等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于脑星形细胞瘤相关的肿瘤研究场景,尤其是围绕 PDX 模型的分子特征分析。研究者可将其用于了解该模型的突变谱、拷贝数变异状况与基因表达特征,也可作为脑星形细胞瘤临床前研究中的参考数据。由于数据涉及突变、拷贝数变异与基因表达等多类分子信息,其潜在用途包括模型分子背景的描述、不同分子层面信息的对照查看,以及与其他脑星形细胞瘤模型或样本数据的比较研究。数据集与出版物关联,也可用于追溯相关研究结果的数据基础。关于具体分析流程与验证性应用,源站未提供。

【使用方法】

数据集通过 ebi.ac.uk 提供访问,使用者应按照 EMBL-EBI 使用条款页面的要求获取与使用数据。由于数据集与 preclinicalpivot.org 上的 PIVOT 资源存在关联,使用者也可通过该平台入口了解数据集的相关背景信息。使用前建议先阅读源站描述与相关出版物,明确模型标识 NCH-MN1 与数据内容之间的对应关系,再根据研究目的选择突变、拷贝数变异或基因表达等相应内容进行分析。关于数据下载方式、文件命名规则、数据格式说明与配套分析工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为公开收录的肿瘤研究数据,来源站给出了模型标识、主题标签与机构关联等信息,但未提供样本量、数据完整性、质控指标或版本更新记录等细节,因此难以据此评估数据的具体质量水平。数据集围绕单一模型 NCH-MN1 展开,其结论外推到其他脑星形细胞瘤模型或患者群体时需谨慎。源站描述中部分字段以缩写或简短标识形式出现,含义需结合相关出版物与平台信息进一步确认。关于数据存在的已知偏差、缺失情况与使用限制,源站未提供。

【引用与许可】

使用该数据集应遵循 EMBL-EBI 使用条款页面所列条件,并注明数据来源为 ebi.ac.uk。数据集与相关出版物关联,使用者在引用时宜同时参考对应 publication 信息。数据集名称中包含 GCCRI、PDX、NCH-MN1 等标识,引用时应保持名称完整以避免歧义。关于具体的引用格式、许可类型细节与数据再分发条件,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-CMO8140

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

S-CMO8140 NCH-MN1 [GCCRI] [PDX] [NCH-MN1] Brain Astrocytoma PDX Brain Astrocytoma N/A mutation copy number alteration expression publication Yes https://preclinicalpivot.org/ PIVOT No EMBL-EBI https://www.ebi.ac.uk/about/terms-of-use UT Health San Antonio Greehey Children’s Cancer Research

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