FSCN1结合lncRNA SNHG20并调控下咽鳞状细胞癌增殖、迁移与侵袭

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE344518

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数据说明

目的：下咽鳞状细胞癌（HPSCC）是一种侵袭性恶性肿瘤，因其解剖位置隐蔽、高度侵袭性和频繁的淋巴结转移而预后较差。本研究旨在探讨FSCN1在HPSCC中的表达及其潜在功能，并鉴定与其相互作用的RNA分子。方法：从癌症基因组图谱-头颈部鳞状细胞癌（TCGA-HNSC）数据集中获取HPSCC子集，评估FSCN1的表达。通过生物信息学分析评估其与临床相关性、泛癌表达模式及免疫细胞浸润的关联。使用转染FSCN1靶向siRNA的FaDu细胞，在体外研究FSCN1敲低的效果。随后评估细胞增殖、集落形成能力、迁移和侵袭。进行RNA测序（RNA-seq）和改进的RNA免疫沉淀测序（iRIP-seq），以鉴定与FSCN1表达相关的基因及FSCN1结合的RNA。结果：FSCN1在HPSCC组织中的表达显著增加。

FSCN1敲低抑制了FaDu细胞的增殖、集落形成、迁移和侵袭。RNA-seq鉴定出2031个差异表达基因，主要与细胞增殖和凋亡相关。iRIP-seq和RNA pull-down表明FSCN1与lncRNA SNHG20之间存在相互作用。此外，SNHG20过表达部分逆转了FSCN1敲低对FaDu细胞恶性细胞表型的抑制作用，并恢复了六个增殖相关基因的表达，如CDKN1A、IL1A、KRT6A、KRT16、ASCC3和AKR1C3。结论：这些发现表明FSCN1促进HPSCC进展，并可能至少部分通过其与SNHG20的相互作用以及随后对下游基因表达的调控发挥致癌作用。然而，FSCN1、SNHG20与这些下游基因之间的直接调控关系

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。