基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-24

资源简介

FOCUS队列粪便宏基因组数据集

FOCUS cohort 是一个以粪便宏基因组为核心内容的队列数据集，英文名称为 FOCUS cohort，在 omicsdi.org 来源站发布，主题标签为 Genomics，在本站归类于肿瘤 / 其他。该数据集面向筛查人群，提供粪便宏基因组数据，源站将其用途描述为预测新发癌症。整体来看，FOCUS cohort 将宏基因组学与肿瘤筛查场景相结合，为研究肠道微生物组与癌症发生风险之间的关系提供了数据基础，适合关注肿瘤早筛、微生物组与基因组学交叉方向的研究者参考使用。

【数据集背景】

FOCUS cohort 来源于 omicsdi.org，主题标签为 Genomics，本站将其归类为肿瘤 / 其他。源站对该数据集的描述为“Fecal metagenomes to predict incident cancers in a screening population (FOCUS cohort)”，即面向筛查人群、利用粪便宏基因组预测新发癌症的队列数据。从这一描述可以看出，该数据集服务于肿瘤筛查与癌症风险预测的研究背景，将粪便宏基因组作为观察对象，关注其在预测新发癌症方面的应用价值。关于队列的具体建立时间、招募地区、随访周期等背景信息，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的核心数据为粪便宏基因组（fecal metagenomes），属于宏基因组学数据范畴，主题标签为 Genomics。数据来自一个筛查人群队列，即 FOCUS cohort。源站描述表明，这些粪便宏基因组数据的用途是预测新发癌症（incident cancers）。关于样本数量、测序平台、测序深度、数据文件格式、是否包含配套临床信息或随访结局变量等具体内容，源站未提供。

【采集与来源】

FOCUS cohort 的数据发布来源站为 omicsdi.org。数据采集自筛查人群的粪便样本，并以宏基因组形式呈现。关于样本采集的具体流程、采集地点、采集时间跨度、伦理审批信息以及原始数据与处理后数据的区分，源站未提供。

【适用场景】

根据源站描述，该数据集的主要应用方向是利用粪便宏基因组预测筛查人群中的新发癌症，因此适用于肿瘤筛查、癌症风险预测以及肠道微生物组与肿瘤发生关系等研究方向。主题标签 Genomics 表明其适合基因组学与宏基因组学相关分析。关于该数据集在其他具体疾病类型、其他人群或特定分析流程中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据获取方式、访问入口、文件组织方式、预处理步骤及推荐的分析流程等。使用者需依据来源站 omicsdi.org 的公开信息自行确认获取与使用条件。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估信息，包括样本质量、测序质量、数据完整性及批次效应等方面的说明。关于数据集在人群代表性、随访完整性或预测性能方面的限制，源站亦未提供。使用者应结合来源站信息自行评估其适用性。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用者在引用或再利用该数据集前，应通过来源站 omicsdi.org 核实相关要求。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/project/PRJEB80544

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/project/PRJEB80544

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Fecal metagenomes to predict incident cancers in a screening population (FOCUS cohort)

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别