白细胞、MCF7癌细胞系及其混合物的荧光共聚焦激光扫描显微数据集 V.1

数据集获取（Zenodo 公开直链）

curl -L -o "day14_1_4_wbc_wbca2_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_Stitched.lsm" "https://zenodo.org/api/records/44884/files/day14_1_4_wbc_wbca2_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_Stitched.lsm/content"
curl -L -o "day8_1_8_mcf7_dapi_bodipy_zstack_8x8.lsm" "https://zenodo.org/api/records/44884/files/day8_1_8_mcf7_dapi_bodipy_zstack_8x8.lsm/content"
curl -L -o "day15_1_4_wbc_wbca1_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8.lsm" "https://zenodo.org/api/records/44884/files/day15_1_4_wbc_wbca1_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8.lsm/content"
curl -L -o "day5_1_3_wbc_wbca1_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_Stitched.lsm" "https://zenodo.org/api/records/44884/files/day5_1_3_wbc_wbca1_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_Stitched.lsm/content"
curl -L -o "day13_1_3_wbc_wbbn2_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8.lsm" "https://zenodo.org/api/records/44884/files/day13_1_3_wbc_wbbn2_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8.lsm/content"
curl -L -o "day13_1_2_wbc_wbbn2_dapi_bodipy_panck_cd45_5slicezstack_8x8_Stitched.lsm" "https://zenodo.org/api/records/44884/files/day13_1_2_wbc_wbbn2_dapi_bodipy_panck_cd45_5slicezstack_8x8_Stitched.lsm/content"
curl -L -o "day7_1_2_wbc_wbca2_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8.lsm" "https://zenodo.org/api/records/44884/files/day7_1_2_wbc_wbca2_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8.lsm/content"
curl -L -o "day8_1_2_wbc_wbbn1_dapi_bodipy_zstack_8x8_Stitched.lsm" "https://zenodo.org/api/records/44884/files/day8_1_2_wbc_wbbn1_dapi_bodipy_zstack_8x8_Stitched.lsm/content"

文件清单

• day14_1_4_wbc_wbca2_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_Stitched.lsm（1279.9 MB）
• day8_1_8_mcf7_dapi_bodipy_zstack_8x8.lsm（1545.2 MB）
• day15_1_4_wbc_wbca1_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8.lsm（1545.2 MB）
• day5_1_3_wbc_wbca1_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_Stitched.lsm（1279.2 MB）
• day13_1_3_wbc_wbbn2_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8.lsm（1545.2 MB）
• day13_1_2_wbc_wbbn2_dapi_bodipy_panck_cd45_5slicezstack_8x8_Stitched.lsm（2131.9 MB）
• day7_1_2_wbc_wbca2_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8.lsm（1545.2 MB）
• day8_1_2_wbc_wbbn1_dapi_bodipy_zstack_8x8_Stitched.lsm（1279.2 MB）
• day9_1_4_wbc_wbbn3_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_Stitched.lsm（1280.9 MB）
• day5_1_1_wbc_wbca1_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack8x8_Stitched.lsm（1279.2 MB）
• day12_1_7_mcf7_dapi_bodip_panck_cd45_zstack_8x8.lsm（1545.2 MB）
• day5_1_4_wbc_wbca1_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack8x8.lsm（1545.2 MB）
• day7_1_3_wbc_wbca2_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_Stitched.lsm（1279.7 MB）
• day15_1_7_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_Stitched.lsm（1279.2 MB）
• day13_1_4_wbc_wbbn2_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8.lsm（1545.2 MB）
• day12_1_8_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_take2_Stitched.lsm（1279.2 MB）
• day12_1_4_wbc_wbbn1_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_Stitched.lsm（1279.2 MB）
• day12_1_9_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8_Stitched.lsm（1279.2 MB）
• day8_1_7_mcf7_dapi_bodipy_zstack_8x8_Stitched.lsm（1279.2 MB）
• day5_1_5_wbc_wbca1_mcf7_dapi_bodipy_panck_cd45_zstack_8x8.lsm（1545.2 MB）

数据集大小约 278.84 GB。

数据说明

这是一组白细胞、癌细胞系MCF7及其混合物的共聚焦激光扫描显微镜数据集，由科罗拉多大学安舒茨医学校区高级光学显微镜核心实验室的Zeiss LSM 780显微镜采集。细胞经过荧光标记：DNA用DAPI（Sigma D9542）标记，脂质用Bodipy 495/503（Thermo Fisher D3922）标记，丝状蛋白细胞角蛋白（CK）用泛细胞角蛋白-alexa555抗体（Cell Signaling Technologies 3478S）标记，表面膜抗原CD45用CD45-alexa647抗体（Biolegend 304020）标记。Bodipy由连续波488 nm激光激发，alexa555由连续波561 nm激光激发，alexa647由连续波633 nm激光激发。采集仪器没有连续波405 nm光源，因此DAPI通过双光子过程激发，使用调谐至765 nm的Coherent Cameleon超快脉冲激光。所用物镜为Zeiss Plan-Apochromat 20倍，0.8 NA，空气镜。数据由4通道8x8拼图z轴堆栈组成。Zeiss软件执行了拼图的拼接。这些拼接后的数据图像已包含在内，并在末尾标记为_Stitched。

有兴趣自行拼接的人可以使用原始数据文件（不带_Stitched）来完成。jpeg图像是从拼接后的LSM图像处理得到的。LSM文件包含实验的额外元数据，包括功率水平和采集设置。_Stiched .lsm文件可在ImageJ（已用V.1.49测试）中作为4通道3层堆栈图像加载。该数据是用于评估DNA/Lipids/CK/CD45生物标志物组合以识别循环肿瘤细胞（CTC）的模型系统。该模型的D-群体是白细胞，D+群体是MCF7癌细胞系。生物标志物组合加分析算法在这些群体（D+/D-）之间所能产生的分离程度，是对该生物标志物组合加算法针对CTC的灵敏度和特异性的估计。生成数据的实验历时15天完成。外周血样本采集自妇科组织与体液库（COMIRB 07-0935 / COMIRB 05-1081），来自同意接受手术的患者

许可

cc-by-4.0