评估 Cologuard 检测在 Lynch 综合征中的应用

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT04778566

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：Lynch综合征、结直肠癌、结肠腺瘤、结肠息肉。主要目的是开展一项初步研究，为实施更大规模的前瞻性研究提供信息，该前瞻性研究将比较Cologuard与金标准结肠镜检查在识别Lynch综合征患者中进展期腺瘤和结直肠癌方面的性能。将记录有关同意率和方案依从性的数据。由于已知具有癌症遗传易感性的患者往往比一般人群更积极地看待筛查测试，该研究的第二个目的是评估患者对肠道准备、结肠镜检查和Cologuard检测的满意度。将通过Geisinger的HRC招募最多90名经基因确诊的Lynch综合征个体，以完成90例Cologuard研究的目标。入组后，Cologuard将由研究团队订购，受试者无需承担费用，并将按照标准使用说明完成。结果将被安全获取并在数据分析前保持盲态。受试者将作为其常规HRC访视的一部分接受结肠镜检查。

结肠镜检查（以及有指征时的活检）结果将从电子健康记录（EHR）中提取，并记录在研究相关电子表格中。如果临床上有指征进行重复结肠镜检查，且受试者符合纳入标准，则可完成重复Cologuard检测。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。