ena-DATASET-BGI-26-11-2015-07:58:13:440-13 样本数据集
该数据集来自 omicsdi.org，属于肿瘤/其他分类，主题标签为 Genomics。源站描述显示其基于国际癌症基因组联盟（ICGC）研究项目，对 158 例食管鳞状细胞癌（ESCC）病例开展全面基因组分析，其中 14 例进行全基因组测序、90 例进行全外显子测序
基本信息
资源简介
ena-DATASET-BGI-26-11-2015-07:58:13:440-13 样本数据集
ena-DATASET-BGI-26-11-2015-07:58:13:440-13 - samples 数据集收录于 omicsdi.org，在站内归入肿瘤 / 其他分类，主题标签为 Genomics。该数据集对应国际癌症基因组联盟（ICGC）研究项目框架下的一项食管鳞状细胞癌（ESCC）基因组研究，对 158 例 ESCC 病例开展了全面基因组分析，其中 14 例完成全基因组测序，90 例完成全外显子测序。食管癌侵袭性强，是全球第六大癌症死亡原因，约 70% 的全球食管癌病例发生在中国，其中 90% 以上的组织病理学形式为食管鳞状细胞癌；目前针对 ESCC 的早期诊断与治疗临床手段有限，患者 5 年生存率约为 10%，导致 ESCC 发病机制的完整基因组事件图谱仍不清楚。该数据集为研究这一问题的测序样本集合。
【数据集背景】
食管癌是侵袭性最强的癌症之一，也是全球第六大癌症死亡原因。全球约 70% 的食管癌发生在中国，该疾病 90% 以上的组织病理学形式为食管鳞状细胞癌（ESCC）。目前针对 ESCC 的早期诊断和治疗临床手段有限，患者 5 年生存率约为 10%；同时，导致 ESCC 发病机制的完整基因组事件图谱仍不明确。该数据集所属研究正是在这一背景下，作为国际癌症基因组联盟（ICGC）研究项目的一部分，对 ESCC 开展全面基因组分析。
【数据内容】
该数据集为 ESCC 研究的样本集合，覆盖 158 例 ESCC 病例的全面基因组分析。其中，全基因组测序在 14 例 ESCC 病例中开展，全外显子测序在 90 例病例中开展。数据集主题标签为 Genomics，站内分类为肿瘤 / 其他。除上述测序类型与病例数量外，源站未提供样本层面的具体字段、文件格式或数据规模信息。
【采集与来源】
数据集来源站为 omicsdi.org，英文名称为 ena-DATASET-BGI-26-11-2015-07:58:13:440-13 - samples。源站描述表明，该研究属于国际癌症基因组联盟（ICGC）研究项目（http://icgc.org/icgc/cgp/72/371/1001734）。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批及具体测序平台等信息，源站未提供。
【适用场景】
基于源站描述，该数据集适用于食管鳞状细胞癌的基因组学研究，包括对 ESCC 发病机制相关基因组事件的探索，以及全基因组测序与全外显子测序数据的比较分析。其主题标签 Genomics 表明其面向基因组学分析场景。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、文件组织格式、分析流程或配套工具等信息。
【质量与限制】
源站未提供该数据集的质量评估信息。就源站描述所及，该研究覆盖 158 例 ESCC 病例，其中全基因组测序 14 例、全外显子测序 90 例；其余样本的处理方式及数据完整性、准确性等信息，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。源站描述中提及该研究属于国际癌症基因组联盟（ICGC）研究项目，并给出项目链接 http://icgc.org/icgc/cgp/72/371/1001734。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001001691
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
食管癌是最具侵袭性的癌症之一，也是全球第六大癌症死亡原因<sup>1</sup>。全球约70%的食管癌发生在中国，其中90%以上的组织病理学类型为食管鳞状细胞癌（ESCC）<sup>2-3</sup>。目前，ESCC的早期诊断和治疗的临床手段有限，患者5年生存率仅为10%。同时，导致ESCC发病机制的完整基因组事件谱仍不清楚。在此，我们展示了158例ESCC病例的综合基因组分析，作为国际癌症基因组联盟（ICGC）研究项目的一部分（http://icgc.org/icgc/cgp/72/371/1001734）。我们对14例ESCC病例进行了全基因组测序，对90例病例进行了全外显子组测序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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