EGAS00001003457-3-sc-2021-03-12T16:02:57Z 样本数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001007038

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

生殖细胞肿瘤（GCTs）是一组起源于原始生殖细胞（PGCs）的良性和恶性肿瘤。它们具有独特的生成胚胎及胚外组织的能力，这在恶性GCTs中具有预后和治疗意义。支撑GCT发生和组织发生的发育途径尚未被完全理解。在此，我们通过对来自14种性腺组织学类型的131个全基因组和416个转录组进行测序（这些样本经激光捕获显微切割获取），研究了15例恶性性腺GCTs和4例正常睾丸活检的系统发育和转录多样性。我们的研究结果表明，肿瘤可能是在胚胎发生期间、PGC特化后约5-8次细胞分裂内通过全基因组加倍而引发的，随后是与侵袭性疾病相关的12号染色体短臂（12p）增益。值得注意的是，12p失衡不仅通过GCT典型等臂染色体产生，也通过非等臂染色体构型产生。虽然肿瘤沿同质的系统发育途径发展，但它们产生了多种组织，独立于遗传亚克隆多样化。GCT组织的一个关键特征是胎儿特异性基因的表达。

尽管存在转录多样性，我们发现与标志性12p增益相关的普遍转录元件。总体而言，我们的研究揭示了支撑起源于胎儿期的生殖细胞肿瘤（GCT）发展的刻板系统发育和转录组，这些特征可能适于治疗干预。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。