法国ICGC肝癌项目样本集
该数据集来自法国ICGC肝癌研究项目，由Jessica Zucman-Rossi教授协调、法国国家癌症研究所资助，旨在通过全基因组和全外显子测序，结合DNA甲基化与RNA测序数据，鉴定肝脏肿瘤中的体细胞与生殖细胞突变目录
基本信息
资源简介
法国ICGC肝癌项目样本集
EGAS00001003063 - samples 收录于肿瘤 / 其他分类，来源为 omicsdi.org。该数据集对应法国 ICGC 肝脏肿瘤研究项目，由 Jessica Zucman-Rossi 教授协调、法国国家癌症研究所（Inca）资助。项目旨在利用全基因组测序与全外显子测序，并结合 DNA 甲基化与 RNA 测序数据，系统鉴定肝脏肿瘤中的体细胞与生殖细胞突变目录。本系列具体包含 60 对肿瘤/正常样本的全外显子测序数据，并配有匹配的 RNA-seq 数据，主题标签为 Genomics，可为肝癌基因组变异与转录组特征的联合研究提供样本层面的数据基础。
【数据集背景】
该数据集来源于法国 ICGC 肝脏肿瘤研究项目。项目由 Jessica Zucman-Rossi 教授协调，并由法国国家癌症研究所（Inca）资助。其总体目标是在肝脏肿瘤中鉴定体细胞突变与生殖细胞突变的目录，所采用的技术路线覆盖全基因组测序（WGS）与全外显子测序（WES），并整合 DNA 甲基化与 RNA 测序（RNA-seq）数据，从多组学层面刻画肝癌的基因组特征。本数据集即为该研究项目下的样本系列。
【数据内容】
本系列对应 60 对肿瘤/正常配对样本的全外显子测序数据，并为这些样本配备了匹配的 RNA-seq 数据。也就是说，数据内容以肿瘤与正常组织的配对外显子测序为主，同时包含同一批样本的转录组测序信息，可用于在样本层面开展突变分析与表达分析的联合考察。数据主题归类为 Genomics。
【采集与来源】
数据来源站为 omicsdi.org。样本与测序数据产生于法国 ICGC 肝脏肿瘤研究项目框架之下，项目协调人为 Jessica Zucman-Rossi 教授，资助方为法国国家癌症研究所（Inca）。本系列聚焦于 60 对肿瘤/正常样本的全外显子测序及匹配 RNA-seq。
【适用场景】
基于其肿瘤/正常配对设计及配套 RNA-seq 的特点，该数据集适用于肝脏肿瘤体细胞突变与生殖细胞变异的鉴定研究，也适合将外显子层面的变异信息与转录组表达信息进行整合分析。结合项目整体采用全基因组测序、DNA 甲基化与 RNA 测序的多组学设计，该样本系列亦可作为肝癌多组学研究的组成部分，用于支撑突变目录构建及相关基因组学分析。主题标签 Genomics 表明其面向基因组学研究和分析场景。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001004180
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
法国ICGC肝癌项目由Jessica Zucman-Rossi教授协调，并由Inca（法国癌症研究所）资助。本项目旨在利用全基因组测序（WGS）和全外显子组测序（WGS），结合DNA甲基化和RNA测序（RNA-seq）数据，鉴定肝脏肿瘤中体细胞和生殖细胞突变的目录。当前系列对应60对全外显子组肿瘤/正常配对样本，并配有匹配的RNA-seq数据。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
