EGAS00001001933-sc-20180611 样本数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001004158

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

正常组织中的细胞在一生中积累突变的情况目前尚不清楚。一些突变细胞会扩增成克隆，可通过基因组测序检测到。我们绘制了9名年龄在20至75岁之间的供体正常食管上皮中的突变克隆图谱。体细胞突变随年龄积累，主要由内在突变过程引起。我们发现携带14个癌症基因突变的克隆受到强烈的达尔文选择，每平方厘米有数十到数百个这样的克隆。到中年时，携带癌症相关突变的克隆覆盖了大部分上皮，其中NOTCH1和TP53突变分别影响全部细胞的40%和10%。值得注意的是，正常食管中NOTCH1突变的患病率比食管癌中高出数倍。食管呈现为一个不断演变的突变克隆拼图，这些克隆定植了大部分上皮，这对我们理解癌症和衰老具有重要意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。