EGAS00001001933 正常食管突变样本集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001015256

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

作者：Charlotte King1, Emilie Abbie1, Joanna C. Fowler1, Irina Abnizova1, Roshan K. Sood1, Swee Hoe Ong1, Michael W. J. Hall1,2, Faye Lynch-Williams3, Benjamin A. Hall4, Philip H. Jones1,2,5

摘要：在癌症演化中，基因组改变常以特定顺序发生，提示选择依赖于先前的克隆基因型1-3。目前尚不清楚正常上皮中是否存在类似的约束。在此，我们绘制了英国老年受试者正常食管中段的突变图谱。到60岁时，突变型NOTCH1克隆已定植大部分上皮；70岁以上组织中，突变体在强竞争性选择下达到饱和。在60岁以上的供体中，突变型TP53受到更强的选择。与主要为NOTCH1野生型的样本相比，以NOTCH1突变体为主的样本显示出对NOTCH2突变体的选择增强，而对突变型TP53的选择减弱。在缺乏Notch1的小鼠食管中，我们观察到对突变型Notch2及其他在野生型食管中未被选择的基因的强烈选择。在正常衰老的食管中，首个驱动突变可能通过改变突变选择来改变后续体细胞演化的轨迹。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。