EGAS00001001625-sc-20180813 样本数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001004295

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

过去10年的许多研究，直至最近国际干细胞倡议组织（ISCI，2011年）的报告，均表明人类多能干细胞（hPSC）在培养过程中会获得遗传和表观遗传变化。许多遗传变化并非随机且反复出现，可能是因为它们为未分化细胞提供了选择性生长优势。有些变化与胚胎癌细胞——ES细胞的恶性对应物——共有。这些生长优势的来源尚不清楚，但可能源于细胞周期动态改变、凋亡抵抗或分化模式变化。关于表观遗传变化的本质和后果了解较少，但这些变化很可能同样影响hPSC的行为；例如，印记基因DLK1的表达增强与hPSC生长改变有关（Enver等人，2005年）。

不可避免的是，这些遗传和表观遗传变化将影响我们利用hPSC进行再生医学的能力，原因可能在于未分化细胞或其用于移植的分化衍生物的恶性转化危及安全性，或者因为这些变化妨碍了这些分化衍生物的功能，又或者因为它们影响了未分化细胞扩增及分化为所需细胞类型的效率。我们最初将聚焦于现有的临床级hESC系，随后转向iPSC，旨在巩固并拓展关于hPSC培养过程中发生的遗传变异的速率、类型及功能影响的知识。我们将采用全基因组和外显子组测序以及SNP芯片，结合克隆分析和其他细胞遗传学技术。常见变化将与正常人群中发现的、原始细胞群体中低频出现的或在目前位于WTSI的HIPSCI项目中进行iPSC生成过程中观察到的变化进行比较。这些研究将更深入地理解遗传变异的范围

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。