EGAS00001000419-sc-20130130 样本数据集

该数据集来自 omicsdi.org,属于肿瘤/其他分类,主题标签为 Genomics。源站描述显示,将对四个 Ewing's sarcoma 细胞系和两个对照细胞系进行 Illumina RNA-Seq,所有细胞系的 RNA 均采用基础 Trizol 提取方案获得

omicsdi
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基因组分类Genomics
EGAS00001000419-sc-20130130 - samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-28

资源简介

EGAS00001000419-sc-20130130 样本数据集

EGAS00001000419-sc-20130130 - samples 是一个收录于 omicsdi.org 的肿瘤类数据集,在分类上归入肿瘤/其他,主题标签为 Genomics。根据来源站点的描述,该数据集围绕 Illumina RNA-Seq 测序展开,研究对象包括四个 Ewing's sarcoma 细胞系和两个对照细胞系,所有细胞系的 RNA 均通过基础 Trizol 提取方案获得。从整体上看,该数据集提供了针对 Ewing's sarcoma 细胞系与对照细胞系的转录组测序样本信息,可用于了解这一肿瘤类型在细胞系水平上的基因表达研究材料构成。以下依据可获得的信息对该数据集作进一步介绍。

【数据集背景】

Ewing's sarcoma 是一种肿瘤类型,本数据集以该肿瘤的细胞系为研究对象,同时设置对照细胞系,构成病例—对照的研究材料组合。数据集的主题标签为 Genomics,说明其内容属于基因组学范畴。数据集名称中包含样本(samples)字样,表明该资源以样本层面的信息为主。关于该研究的具体科学问题、立项背景与研究目的,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的核心内容是 Illumina RNA-Seq 测序相关的样本材料。源站描述明确指出,将对四个 Ewing's sarcoma 细胞系和两个对照细胞系进行 Illumina RNA-Seq,因此样本层面涉及六个细胞系,其中四个为肿瘤细胞系、两个为对照细胞系。RNA 从所有细胞系中提取,提取采用基础 Trizol 提取方案。关于测序读长、测序深度、重复数、数据量、文件格式与样本编号等具体技术参数,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org,在站点分类中属于肿瘤/其他。样本材料为细胞系,RNA 提取使用基础 Trizol 提取方案,测序平台为 Illumina,测序类型为 RNA-Seq。关于细胞系的来源机构、培养条件、传代情况、RNA 提取的具体操作细节以及测序服务的执行单位,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于与 Ewing's sarcoma 细胞系转录组相关的研究场景,例如以四个肿瘤细胞系与两个对照细胞系为材料开展基因表达比较分析的准备工作。其 RNA-Seq 数据属性也使其可被用于转录组层面的方法学参考。关于该数据集在其他具体研究中的适用性,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以样本信息的形式提供,使用时可结合 Illumina RNA-Seq 数据的一般处理流程进行转录组分析。关于数据下载方式、文件组织方式、是否提供预处理数据或分析脚本,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集涉及六个细胞系的 RNA-Seq 样本,样本数量有限,且研究对象为细胞系而非临床肿瘤组织。关于数据质量评估指标、测序质量、批次信息与质控结果,源站未提供。使用时应注意其材料范围与样本规模所带来的解释边界。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001000337

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

将对四种尤文肉瘤细胞系和两种对照细胞系进行Illumina RNA-Seq。所有细胞系的RNA均采用基本的Trizol提取方案进行提取。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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