EGAS00001000267-sc-20130529 样本数据集

该数据集来自 omicsdi.org,属于肿瘤/其他分类,主题标签为 Genomics。源站描述指出,癌症由基因组突变驱动,研究旨在揭示导致 Ewing's sarcoma(一种主要影响儿童的骨肿瘤)的突变

omicsdi
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基因组分类Genomics
EGAS00001000267-sc-20130529 - samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-28

资源简介

EGAS00001000267-sc-20130529 样本数据集

EGAS00001000267-sc-20130529 - samples 是一个以肿瘤研究为背景的基因组学数据集,收录于 omicsdi.org,在本站归入肿瘤/其他分类,主题标签为 Genomics。该数据集围绕癌症的基因组突变展开,其研究目标指向 Ewing's sarcoma(尤文肉瘤)——一种主要影响儿童的骨肿瘤。源站描述指出,癌症由基因组中的突变驱动,相关研究致力于揭示导致该肿瘤发生的突变,并采用第二代 Illumina 大规模并行测序技术配合定制软件,对尤文肉瘤肿瘤的基因组与转录组进行表征。该数据集即为这一研究框架下的样本集合,可供关注儿童骨肿瘤分子机制与基因组学研究的用户参考使用。

【数据集背景】

癌症的发生被认为由基因组中的突变所驱动。源站描述明确将研究背景设定在揭示肿瘤发生相关突变这一方向上,并具体聚焦于 Ewing's sarcoma。这是一种骨肿瘤,且主要影响儿童人群,因而其分子层面的研究对理解该疾病的成因具有重要意义。该数据集所属主题为 Genomics,说明其内容定位于基因组层面的研究数据,而非其他类型的组学或临床数据。本站将其归入肿瘤/其他分类,表明其在肿瘤类数据中属于未进一步细分的一类。

【数据内容】

依据源站描述,该数据集对应的研究将对尤文肉瘤肿瘤的基因组和转录组进行表征。也就是说,数据内容涉及基因组与转录组两个层面的信息,目标是从中识别与肿瘤发生相关的突变。数据集名称中包含 samples 字样,表明其以样本为组织单位。除上述范围性描述外,源站未提供关于样本数量、测序深度、文件格式、数据体积等具体内容信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。源站描述说明,研究工作使用第二代 Illumina 大规模并行测序技术,并结合定制软件进行分析。这表明数据的产生依赖于高通量测序平台与配套的自定义分析流程。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批及具体的测序中心等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于源站描述,该数据集适用于与尤文肉瘤相关的基因组学和转录组学研究,例如探索肿瘤发生相关突变、开展儿童骨肿瘤分子机制分析,以及作为基因组突变驱动癌症这一研究方向下的参考数据。其主题标签 Genomics 也提示其适用于基因组学范畴的分析工作。关于具体的下游应用案例或已验证的使用场景,源站未提供。

【使用方法】

源站未提供关于数据下载方式、文件组织、分析流程或软件使用说明的具体信息。已知的分析相关线索仅为研究采用第二代 Illumina 大规模并行测序与定制软件,但该定制软件的名称、版本与获取途径,源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、覆盖度、准确性或质控指标的信息。可确认的限制性信息是:该数据集聚焦于尤文肉瘤这一特定肿瘤类型,其适用范围受此研究目标约束。其他质量与限制方面的说明,源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供关于引用方式、许可条款或数据使用限制的信息。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001000444

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

癌症是由基因组中的突变驱动的。我们将揭示导致尤文肉瘤(一种主要影响儿童的骨肿瘤)发生的突变。我们将利用第二代Illumina大规模并行测序技术及定制软件,来表征尤文肉瘤肿瘤的基因组和转录组。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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