基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-28

资源简介

胃及胃食管交界处腺癌多区域全外显子组测序样本集

该数据集为一项针对胃及胃食管交界处腺癌的多区域全外显子组测序研究样本集合，来源于 omicsdi.org，主题归属基因组学，在站内分类中归入肿瘤/其他类别。数据集共包含48个肿瘤样本，取自9例胃及胃食管交界处腺癌患者，每例患者提供4至10个肿瘤样本，覆盖范围从4个到10个不等。这一设计使得研究者能够在同一患者体内比较不同肿瘤区域的外显子组特征，为探讨肿瘤空间异质性提供了样本基础。数据集以样本集合的形式组织，英文名称由一组长标识符与“samples”后缀构成，便于在组学数据检索环境中定位与引用。

【数据集背景】

胃及胃食管交界处腺癌（GC）是消化系统常见的恶性肿瘤之一，其分子特征与肿瘤内异质性对疾病进展、治疗反应及耐药机制具有重要影响。多区域取样策略通过在同一个体的不同肿瘤部位分别取材，能够捕捉肿瘤克隆结构的空间分布差异，是研究肿瘤异质性的重要实验设计。该数据集正是围绕这一研究思路构建的样本集合，聚焦于胃及胃食管交界处腺癌的多区域全外显子组测序，主题标签为基因组学，站内分类为肿瘤/其他。

【数据内容】

数据集包含48个肿瘤样本，来自9例胃及胃食管交界处腺癌患者。每例患者提供的肿瘤样本数量在4至10个之间，即每位患者至少有4个、至多10个肿瘤区域样本被纳入测序。样本类型为肿瘤组织样本，检测手段为全外显子组测序，覆盖蛋白质编码区及其侧翼区域。数据集以样本为单位组织，英文名称标识为“eefcc67f-9776-478c-8626-0129ebfe62d4 - samples”。除样本数量、患者数量、样本来源部位及测序类型外，源站未提供更细粒度的数据内容说明，例如具体基因突变列表、变异注释文件、临床信息字段等。

【采集与来源】

该数据集来源于 omicsdi.org。根据源站描述，其数据产生方式为多区域全外显子组测序，即对同一患者多个肿瘤区域的样本分别进行全外显子组测序。样本取自9例胃及胃食管交界处腺癌患者，肿瘤样本总数为48个，每例患者贡献4至10个肿瘤样本。关于样本采集的具体时间、地点、机构、伦理审批信息以及测序平台、测序深度、读长等技术参数，源站未提供。

【适用场景】

基于其多区域全外显子组测序的设计，该数据集适用于肿瘤空间异质性研究，例如比较同一患者不同肿瘤区域之间的体细胞突变谱差异、推断肿瘤克隆演化关系、评估单点活检对整体突变谱的代表性等。同时，该数据集也可用于胃及胃食管交界处腺癌的基因组特征描述性分析，以及作为多区域取样研究的方法学参考样本集合。由于主题标签为基因组学，其潜在用途集中在基因组层面的分析与方法验证。关于该数据集是否适用于特定临床终点分析或药物反应研究，源站未提供相关信息。

【使用方法】

该数据集以样本集合形式提供，使用者可通过 omicsdi.org 检索并获取。关于具体的下载方式、文件格式、数据组织目录结构、是否提供原始测序读段或仅提供处理后变异文件、是否需要注册或申请访问权限等，源站未提供。使用时应以样本标识为基本单位，结合患者来源信息将同一位患者的多个肿瘤区域样本进行分组，以便开展患者内多区域比较分析。具体的分析流程与工具选择需由使用者根据研究目的自行确定。

【质量与限制】

该数据集的样本量为9例患者、48个肿瘤样本，每例患者4至10个样本，样本规模相对有限，患者间样本数不均衡，可能影响统计推断的稳健性。数据仅涉及全外显子组测序，不覆盖非编码区及结构变异等全基因组层面的信息。关于测序质量指标（如覆盖度、一致性、污染评估）、样本病理质控信息、临床随访数据以及数据完整性说明，源站未提供。使用者应在分析前自行评估数据适用性，并注意多区域取样研究结论向其他人群或瘤种外推时的局限性。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、原始发表文献、数据许可协议、使用条款及再分发限制，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集前，应通过 omicsdi.org 相应条目核实最新的引用与许可信息。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006251

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006251

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对9例胃及胃食管交界处腺癌（GC）患者进行了多区域全外显子组测序，使用了48份肿瘤样本（范围：每位患者4-10份肿瘤样本）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别