DNA甲基化异质性定义Ewing肉瘤的疾病谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE88826

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

儿童和年轻成人的发育性肿瘤携带的基因改变较少，却具有多样的临床表现。以尤文肉瘤为研究重点，我们旨在确立表观遗传异质性在基因同质性癌症中的患病率及特征。我们对一大群尤文肉瘤肿瘤样本进行了全基因组DNA甲基化测序，并从三个层面分析了表观遗传异质性：癌症间、肿瘤间及肿瘤内。我们观察到，在由该疾病定义性EWS-FLI1融合蛋白调控的增强子区域，DNA低甲基化现象一致存在，从而确立表观基因组增强子重编程为尤文肉瘤普遍且特征性的表现。肿瘤间的DNA甲基化差异揭示了一个连续的疾病谱系，该谱系反映了EWS-FLI1调控特征的强度以及间充质与干细胞特征之间的连续性。肿瘤内部存在显著的表观遗传异质性，尤其是在转移性疾病患者中更为明显。

总之，我们的研究对尤文肉瘤的表观遗传异质性进行了全面评估，从而强调了在癌症生物学和个性化医疗背景下考虑肿瘤异质性非遗传方面的重要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。