TCGA-HNSC 集合的 DICOM 转换幻灯片显微图像

该数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一组图像和/或图像衍生数据。该数据集已转换为 DICOM 表示形式,并由 IDC 团队收录

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2026-10-07 更新
浏览 5
医学影像分类肿瘤头颈部鳞状细胞癌TCGA-HNSCDICOM全切片显微图像IDC医学影像
DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-HNSC collection

基本信息

模态
医学影像
大小
0.000414032 GB
任务类型
分类
许可
Creative Commons Attribution 3.0 Unported
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

TCGA-HNSC 集合的 DICOM 转换幻灯片显微图像

DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-HNSC collection 是一个与头颈部鳞状细胞癌(HNSC)相关的医学影像数据集,对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)所提供的一组图像和/或图像衍生数据。该数据集已转换为 DICOM 表示形式,并由 IDC 团队完成收录。数据集来源站为 doi.org,在分类上归属于肿瘤 / 其他。其内容与 TCGA 项目中头颈部鳞状细胞癌病例的影像数据相关,可供通过 IDC Portal 进行浏览和可视化,并可通过该记录中包含的清单文件按下载说明获取相应集合。该数据集采用 Creative Commons Attribution 3.0 Unported 许可发布,作者包括 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 与 Fedorov, Andrey,发布机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年。

【数据集背景】

该数据集与 TCGA-HNSC 集合相关,即头颈部鳞状细胞癌(HNSC)患者的相关影像资料。根据源站描述,癌症影像计划(CIP)正与参与 TCGA 的机构的主要研究者直接合作,以获取并加载与存储在 TCGA 数据门户中的基因组、临床和病理数据相关的图像。目前,这一大型 PET/CT 多序列图像集合涵盖头颈部鳞状细胞癌(HNSC)患者,并可通过每个唯一的病例标识符与同一病例的广泛基因和表达数据进行匹配。该数据集正是在这一背景下,由 IDC 团队转换为 DICOM 表示形式并收录,属于肿瘤 / 其他分类下的影像数据资源。

【数据内容】

该数据集对应于一组图像和/或图像衍生数据,具体为经 DICOM 转换的 Slide Microscopy 图像,面向 TCGA-HNSC 集合。源站描述指出,该数据集是来自美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)的图像和/或图像衍生数据集合,已转换为 DICOM 表示形式并由 IDC 团队收录。关于图像的具体数量、切片层级、分辨率、染色方式、文件体积或病例数等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 doi.org,发布机构为 Zenodo。其原始图像和/或图像衍生数据来自美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)。根据源站描述,癌症影像计划(CIP)与参与 TCGA 的机构的主要研究者合作,获取并加载与 TCGA 数据门户中存储的基因组、临床和病理数据相关的图像。该数据集由 IDC 团队完成 DICOM 转换与收录。关于具体的采集设备、扫描参数、时间范围或机构名单等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于通过 IDC Portal 探索和可视化相应的图像。由于其与 TCGA-HNSC 集合相关,并可与同一病例的基因和表达数据进行匹配,因此适用于需要结合影像与基因组、临床或病理信息的研究场景。此外,该数据集以 DICOM 表示形式提供,可用于支持 DICOM 格式的影像处理、查看或分析工作流。关于具体的分析任务、算法验证或临床用途,源站未提供。

【使用方法】

根据源站描述,用户可以使用 IDC Portal 探索和可视化相应的图像。同时,可以使用该 Zenodo 记录中包含的清单文件(manifests),按照下载说明下载该集合。关于下载后的具体目录结构、文件命名规则、读取工具或转换步骤等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集已转换为 DICOM 表示形式,并由 IDC 团队收录。源站描述提及其对应于 IDC 提供的一组图像和/或图像衍生数据。关于数据质量、完整性、标注准确性、缺失情况、偏倚或使用限制等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 与 Fedorov, Andrey,发布机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年。许可方式为 Creative Commons Attribution 3.0 Unported。关于具体的引用格式、DOI 或推荐引用文本,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.22837368

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 414.0 KB。

数据说明

该数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一系列图像和/或图像衍生数据。此数据集已被IDC团队转换为DICOM格式并收录。您可以通过IDC门户探索并可视化相应的图像。利用本Zenodo记录中包含的清单文件,按照下方下载指南即可下载该数据集。癌症影像计划(CIP)正与参与TCGA的研究机构的主要研究者直接合作,获取并加载与TCGA数据门户中存储的基因组、临床和病理数据相关的图像。目前,这个包含头颈部鳞状细胞癌(HNSC)患者的大型PET/CT多序列图像集合,可以通过每个独特病例标识符与来自癌症基因组图谱数据门户的同一病例的广泛基因和表达数据进行匹配,以研究临床表型与组织基因组之间的联系。请参阅TCGA-HNSC页面,以了解更多关于这些图像的信息,并获取该集合的任何支持性元数据。

包含的文件 清单文件的名称指示了集合数据某个版本首次引入时所对应的IDC数据发布版本。例如,tcga_hnsc-idc_v22-aws.s5cmd 对应于IDC数据发布版本v22中引入的tcga_hnsc集合内容。 tcga_hnsc-idc_v25-aws.s5cmd:AWS下载清单 tcga_hnsc-idc_v25-gcs.s5cmd:GCS下载清单 tcga_hnsc-idc_v25-dcf.dcf:DCF下载清单 以-aws.s5cmd结尾的清单文件引用Amazon Web Services(AWS)存储桶中的文件;以-gcs.s5cmd结尾的清单文件引用Google Cloud Storage中的文件。实际文件完全相同,并在AWS与GCP之间互为镜像。 下载说明 每个清单文件在其头部包含有关如何下载所含文件的说明。要使用.s5cmd清单下载文件: 安装idc-index:pip install --upgrade idc-index 下载所引用的文件

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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