基于癌症特异性甲基化特征诊断结直肠癌和进展期腺瘤

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT03828396

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数据说明

疾病：结直肠癌、晚期腺瘤。1. 研究背景 1.1 结直肠癌的诊断 结直肠癌是消化道常见的恶性肿瘤。根据2015年的统计数据，我国结直肠癌的发病率和死亡率均位居所有癌症的前五位。研究表明，若在肿瘤细胞扩散前得到诊断，患者的五年生存率可达90%。然而，目前仅有40%的患者在早期阶段被诊断。因此，疾病早期治疗是对抗结直肠癌的必要手段。临床上用于诊断的主要方法是结肠镜检查。此法准确，但受多种因素限制，如腹泻、肠穿孔，并且检查前需做多项准备，患者需进食流质饮食、清洁肠道等。其他诊断方法如影像学、组织病理学检查，或检出率低，或对器官造成损伤。因此，早期发现结直肠癌仍是一项挑战性的任务。

1.2 结直肠癌患者ctDNA甲基化检测及临床研究 表观遗传学是指DNA一级序列不发生改变而发生的可遗传的表型变化。DNA甲基化是表观遗传修饰途径之一，可导致染色质结构和DNA稳定性发生变化，并调控基因转录和表达。研究发现，DNA甲基化与肿瘤的发生发展密切相关。与正常细胞相比，肿瘤细胞中DNA的众多位点发生DNA甲基化改变。进一步研究表明，DNA甲基化发生在癌症过程的早期，使得利用DNA甲基化进行癌症早期筛查成为可能。基于Kun Zhang教授发表在Nature Genetics上的研究论文，Singlera Genomics公司发明了专有的methyl-Titan测序技术，并开发了一种检测

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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