dfb2a07a-09ab-4034-8da5-678e3c0a27a1 - samples 数据集
该数据集包含54例Ewing's sarcoma样本的全基因组测序(WGS)数据,样本由加拿大多伦多The Hospital for Sick Children的Adam Shlien实验室完成测序,相关成果发表于Science 2018,并引用Anderson等人关于骨与软组织肿瘤重排爆发产生经典

基本信息
资源简介
dfb2a07a-09ab-4034-8da5-678e3c0a27a1 - samples 数据集
该数据集收录了54例Ewing's sarcoma(尤文肉瘤)样本的全基因组测序数据,测序工作由加拿大多伦多The Hospital for Sick Children的Adam Shlien实验室完成,相关研究成果发表于Science 2018,并引用了Anderson等人关于骨与软组织肿瘤中重排爆发产生经典基因融合的研究。数据集以基因组学为主题标签,在站内归入肿瘤/其他分类,来源于omicsdi.org。整体而言,这是一份围绕尤文肉瘤全基因组测序的肿瘤基因组学数据资源,可用于观察该队列样本的基因组层面信息,服务于骨与软组织肿瘤相关研究场景。
【数据集背景】
该数据集聚焦于Ewing's sarcoma这一肿瘤类型。Ewing's sarcoma属于骨与软组织肿瘤范畴,其分子特征与基因融合密切相关。数据集的源站描述明确引用了Anderson等人的研究"Rearrangement bursts generate canonical gene fusions in bone and soft tissue tumors",该研究讨论了骨与软组织肿瘤中重排爆发(rearrangement bursts)如何产生经典基因融合(canonical gene fusions)。这一背景说明该数据集所承载的测序样本与基因融合、基因组重排等研究主题存在直接关联。数据集对应的成果发表于Science 2018,测序工作完成于The Hospital for Sick Children(多伦多)的Adam Shlien实验室。
【数据内容】
数据集包含54例Ewing's sarcoma样本的全基因组测序(WGS)数据。全基因组测序意味着数据覆盖样本基因组的整体序列信息,而非仅针对特定基因区域。样本数量为54例,构成一个具有一定规模的肿瘤基因组队列。数据集的英文名称标识为"dfb2a07a-09ab-4034-8da5-678e3c0a27a1 - samples",其中"samples"表明该资源以样本为单位组织。主题标签为Genomics,表明其内容属于基因组学范畴。除上述信息外,关于具体文件格式、数据文件数量、测序深度、覆盖度、变异检出结果等细节,源站未提供。
【采集与来源】
样本的测序工作由加拿大多伦多The Hospital for Sick Children的Adam Shlien实验室完成。数据集来源站为omicsdi.org。源站描述指出,相关成果发表于Science 2018,并引用了Anderson等人关于骨与软组织肿瘤重排爆发产生经典基因融合的研究。关于样本采集的具体临床机构、采集时间、伦理审批信息、样本处理流程等,源站未提供。
【适用场景】
基于其肿瘤类型与全基因组测序属性,该数据集适用于尤文肉瘤及骨与软组织肿瘤的基因组学研究场景,例如围绕基因融合、基因组重排等主题的分析工作。数据集的主题标签为基因组学,也可用于基因组学相关的方法验证或比较研究。由于数据集包含54例样本,可用于队列层面的观察。关于具体的分析类型、下游应用案例或已验证的使用场景,源站未提供。
【使用方法】
源站未提供关于数据下载方式、访问权限、文件组织结构、数据处理流程或分析工具的具体说明。
【质量与限制】
数据集包含54例样本的全基因组测序数据,样本量与测序类型已在源站描述中明确。关于数据质量指标(如测序深度、覆盖均匀性、碱基质量值)、样本纳入排除标准、数据完整性以及已知的技术限制,源站未提供。
【引用与许可】
数据集相关成果发表于Science 2018,并引用Anderson等人"Rearrangement bursts generate canonical gene fusions in bone and soft tissue tumors"一文。关于数据的使用许可条款、引用格式要求或再分发规定,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001004589
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
54例WGS尤文肉瘤样本在多伦多病童医院(Adam Shlien实验室)完成测序,并于2018年发表在《Science》上。参考文献:Anderson等,“Rearrangement bursts generate canonical gene fusions in bone and soft tissue tumors”。
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