尿路上皮癌中HER2靶向抗体药物偶联物敏感性决定因素

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/8a05eaf6-5680-41f2-9be7-eddc383b178a

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

HER2由ERBB2基因编码，是一种受体酪氨酸激酶，在人类癌症中常通过基因扩增、突变和/或蛋白过表达而被激活。在一个包含42,415例前瞻性分析的实体瘤队列中，14.5%的尿路上皮癌（n=295/2,035）具有致癌性或可能致癌性ERBB2改变（6.7%为ERBB2突变，6.3%为野生型ERBB2扩增，1.5%为突变与扩增并存）。在尿路上皮癌患者中，原发灶与转移灶之间ERBB2突变状态的不一致很常见，患者来源的类器官/异种移植模型与其来源肿瘤之间ERBB2突变状态的不一致也很常见。在患者来源的尿路上皮癌模型中，HER2靶向抗体药物偶联物（ADC）德曲妥珠单抗的疗效显著优于HER激酶抑制剂来那替尼。在一个接受德曲妥珠单抗治疗的尿路上皮癌患者真实世界队列中，ERBB2共突变和扩增与卓越的临床缓解相关。

我们的数据支持扩大针对HER2低表达尿路上皮癌的HER2靶向ADC临床试验，支持采用替代细胞毒性载荷的HER2 ADC的临床测试，以及开发能够在治疗前评估载荷敏感性的功能性精准肿瘤学平台，以指导个体化治疗选择。疾病：膀胱癌。组织：膀胱。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。