与文章“新发现单核细胞亚群对晚期胃肠道肿瘤和COVID-19的不同反应”相关的数据集

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源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.6365708

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数据说明

本记录包含与文章“新发现单核细胞亚群对晚期胃肠道癌症和COVID-19的独特反应”相关的原始数据。单核细胞是免疫系统的关键细胞，但其作为效应细胞的作用相对知之甚少，因为它们长期以来仅被视为组织巨噬细胞或树突状细胞的前体。此外，已知这种细胞类型具有异质性，但我们对此方面的理解仅限于经典/中间/非经典单核细胞的广泛分类，通常基于它们仅两种标记物的表达，即CD14和CD16。我们通过单细胞水平的转录组分析深入剖析了健康供体中人循环单核细胞的异质性，并鉴定了9个不同的单核细胞群体，每个群体都具有提示特化功能的特征。实际上，经典单核细胞亚群包括五个不同的群体，每个群体富集了与炎症、中性粒细胞样、干扰素相关和血小板相关通路相关的转录组基因集。

非经典单核细胞包括两个不同的群体，其中一个群体的特征在于补体成分表达水平升高。在我们的分析中，中间型单核细胞未进一步细分，其特征为人类白细胞抗原（HLA）基因的高表达。最后，我们鉴定出一个同时包含经典和非经典单核细胞的聚类，其特征为强烈的细胞毒性特征。这些发现为探究新鉴定的单核细胞群体在疾病演变中的相关性提供了依据。我们开发了一种机器学习方法，并将其应用于两个单细胞转录组公共数据集，分别来自胃肠道癌症和2019冠状病毒病（COVID-19）患者。通过我们的分类方法对这些数据集进行解析后发现，晚期癌症患者的单核细胞中选择性增加了富含血小板相

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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