睾丸癌相关成纤维细胞分子与表观遗传离体分析及其与生殖细胞肿瘤细胞和巨噬细胞相互作用数据

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：Molecular and epigenetic <i>ex vivo</i> profiling of testis cancer-associated fibroblasts and their interaction with germ cell tumor cells and macrophages
• DOI：10.6084/m9.figshare.26058097.v1
• 发布日期：2024-06-18
• 文件数：13 个
• 文件总体积：23.46 MB
• 源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/Molecular_and_epigenetic_i_ex_vivo_i_profiling_of_testis_cancer-associated_fibroblasts_and_their_interaction_with_germ_cell_tumor_cells_and_macrophages/26058097

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文件清单

• Molecular and epigenetic ex vivo profiling of testis cancer-associated fibroblasts and their interaction with germ cell tumor cells and macrophages.pdf（4.79 MB）
• Table S1.xlsx（26.13 KB）
• Fig. 6.tiff（379.14 KB）
• Fig. S2.tiff（2.46 MB）
• Fig. 1.tiff（1.75 MB）
• Fig. 5.tiff（700.07 KB）
• Fig. S3.tiff（3.47 MB）
• Fig. 4.tiff（1.51 MB）
• Fig. 3.tiff（1.74 MB）
• Fig. S1.tiff（1.31 MB）
• Fig. S4.tiff（978.17 KB）
• Data S1.xlsx（3.50 MB）
• Fig. 2.tiff（843.28 KB）

文件总体积 23.46 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

生殖细胞肿瘤（GCT）是15至40岁年轻男性中最常见的实体肿瘤。在既往研究中，我们分析了GCT细胞与肿瘤微环境（TM）细胞之间的相互作用，结果显示，尤其是成纤维细胞（FB）或巨噬细胞与GCT细胞的三维相互作用影响了肿瘤细胞的生长行为和顺铂反应，以及转录组和分泌组，提示这些细胞与GCT细胞的交互对话对肿瘤进展和治疗结局至关重要。在本研究中，我们揭示了GCT背景下癌症相关成纤维细胞（CAF）的活化机制及其对GCT细胞系和单核细胞系THP-1的影响。我们建立了GCT来源CAF的离体培养，并通过DNA甲基化芯片、RNA测序和基于质谱的分泌组分析对其进行了分子和表观遗传学表征。我们证明，CAF的活化状态受其先前所处肿瘤环境的影响。据此，我们推测精原细胞瘤（SE）和胚胎性癌（EC）可激活CAF，而畸胎瘤（TER）在CAF形成中仅起次要作用。

反过来，CAF通过所鉴定的效应分子IGFBP1、LGALS3BP、LYVE1和PTX3影响GCT细胞系的增殖和顺铂敏感性相关因子的表达，以及体外诱导巨噬细胞的极化。我们的数据表明，CAF与GCT细胞及巨噬细胞的重要相互作用对细胞外基质的塑造以及免疫细胞向TM的募集具有巨大影响。总之，在标准治疗之外，治疗性干预CAF和/或巨噬细胞可能减缓GCT的进展以及TM向促肿瘤环境的重塑。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.6084/m9.figshare.26058097.v1（source: https://figshare.com/articles/dataset/Molecular_and_epigenetic_i_ex_vivo_i_profiling_of_testis_cancer-associated_fibroblasts_and_their_interaction_with_germ_cell_tumor_cells_and_macrophages/26058097）。