Veratrum californicum 中甾体生物碱生物合成及 Sf9 细胞中 verazine 生产数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.n9s7q

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 749.3 KB。

数据说明

甾体生物碱已被证实具有广泛的药理作用，包括抗癌和抗真菌活性。理解这些分子的生物合成对于实现可持续生产的生物工程至关重要。在此，我们研究了环巴胺的生物合成途径，环巴胺是一种展现出良好抗肿瘤活性的甾体生物碱。环巴胺的来源有限，目前仅来源于对植物Veratrum californicum的野外采集。为了阐明环巴胺合成途径的早期阶段，我们利用环巴胺积累模式作为基因表达的预定义模型，通过模式匹配算法Haystack，分析了V. californicum的RNA-seq数据集。在Sf9昆虫细胞中对候选基因进行重构，发现了四种酶，它们催化甾体生物碱生物合成的前六步，生成维拉嗪，这是环巴胺的一个预测前体。这三种酶属于细胞色素P450，而第四种是γ-氨基丁酸转氨酶；它们共同作用，将胆固醇转化为维拉嗪。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。