第一代儿童癌症依赖性图谱数据
作者依据原论文对癌细胞系的注释，从 DepMap 20Q1 公共数据中筛选出儿童实体瘤与脑肿瘤相关部分，共 8 个文件，涵盖融合、基因拷贝数、Achilles 基因依赖性及基因效应等数据
基本信息
资源简介
第一代儿童癌症依赖性图谱数据
A First-Generation Pediatric Cancer Dependency Map
该数据集来自 figshare，是 Dharia 等人 2021 年发表的《A First-Generation Pediatric Cancer Dependency Map》的配套文件。作者依据原论文对癌细胞系的注释，从 DepMap 20Q1 公共数据中筛选出儿童实体瘤与脑肿瘤相关部分，共 8 个文件，涵盖融合、基因拷贝数、Achilles 基因依赖性及基因效应等数据。可用于儿童癌症细胞系依赖性与组学特征的分析及预测建模（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2021-01-12。
【数据结构与技术规格】
文件数 8 个，合计 158.08 MB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.13564265.v1。
【主题与分类】
源站学科分类：Oncology and carcinogenesis not elsewhere classified。主题标签：Pediatric solid tumors、pediatric brain tumors、CRISPR screens、omics、DepMap、Cancer。本站分类：肿瘤。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Oncology and carcinogenesis not elsewhere classified。
【获取与许可】
源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/A_First-Generation_Pediatric_Cancer_Dependency_Map/13564265
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Dharia, Neekesh (2021). A First-Generation Pediatric Cancer Dependency Map. figshare. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-30，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Figshare）
- 源站标题：A First-Generation Pediatric Cancer Dependency Map
- DOI：10.6084/m9.figshare.13564265.v1
- 发布日期：2021-01-12
- 文件数：8 个
- 文件总体积：158.08 MB
- 源站页面：https://figshare.com/articles/dataset/A_First-Generation_Pediatric_Cancer_Dependency_Map/13564265
命令行下载
curl -L -o "PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_CCLE_fusions.csv" "https://ndownloader.figshare.com/files/26030675"
curl -L -o "PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_CCLE_gene_cn.csv" "https://ndownloader.figshare.com/files/26030678"
curl -L -o "PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_Achilles_gene_dependency.csv" "https://ndownloader.figshare.com/files/26030681"
curl -L -o "PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_Achilles_gene_effect.csv" "https://ndownloader.figshare.com/files/26030684"
curl -L -o "PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_CCLE_expression.csv" "https://ndownloader.figshare.com/files/26030687"
curl -L -o "PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_CCLE_mutations.csv" "https://ndownloader.figshare.com/files/26030690"
curl -L -o "PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_CCLE_segment_cn.csv" "https://ndownloader.figshare.com/files/26030693"
curl -L -o "PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_sample_info.csv" "https://ndownloader.figshare.com/files/26030696"
文件清单
PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_CCLE_fusions.csv（666.53 KB）PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_CCLE_gene_cn.csv（66.38 MB）PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_Achilles_gene_dependency.csv（24.47 MB）PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_Achilles_gene_effect.csv（24.05 MB）PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_CCLE_expression.csv（29.00 MB）PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_CCLE_mutations.csv（12.27 MB）PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_CCLE_segment_cn.csv（1.21 MB）PediatricSolidBrainTumorSubset_DepMap_20Q1_sample_info.csv（33.93 KB）
文件总体积 158.08 MB（源站 API 实测）。
数据说明
这些文件是Dharia等人（2021）发表的《第一代儿童癌症依赖性图谱》一文的配套资料。
具体而言，上述手稿将癌细胞系注释为“儿童实体瘤或脑肿瘤”，据此从DepMap 20Q1版本（https://figshare.com/articles/dataset/DepMap_20Q1_Public/11791698）中提取了数据子集，以便于访问这些数据。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.6084/m9.figshare.13564265.v1（source: https://figshare.com/articles/dataset/A_First-Generation_Pediatric_Cancer_Dependency_Map/13564265）。
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