脑转移瘤单细胞基因表达数据集
该数据集来自 omicsdi.org，包含 9 例脑转移瘤样本的单细胞基因表达数据。其中 6 例配有匹配的脑脊液样本，采集时间包括手术前，以及两例在手术后（术后 1 个月）和治疗后（术后 3 个月）的样本
基本信息
资源简介
脑转移瘤单细胞基因表达数据集
该数据集收录了9例脑转移瘤样本的单细胞基因表达数据，来源于omicsdi.org，主题标签为基因组学。在9例脑转移瘤中，有6例配有匹配的脑脊液样本，采集时间点包括手术前，以及其中两例在手术后（术后1个月）和治疗后（术后3个月）的样本。单细胞基因表达数据通过Chromium Single Cell 5' Library构建，并在Illumina NovaSeq 6000平台上完成测序。该数据集聚焦于脑转移瘤的肿瘤微环境与脑脊液样本的配对分析，可为探索脑转移瘤的分子特征、脑脊液中的肿瘤相关信号以及治疗前后的动态变化提供单细胞分辨率的数据基础。以下从背景、内容、来源、应用、方法、局限及引用等方面展开介绍。
【数据集背景】
脑转移瘤是恶性肿瘤向中枢神经系统播散的结果，其分子机制和微环境特征复杂。该数据集针对9例脑转移瘤进行单细胞基因表达测序，并尽可能匹配脑脊液样本，旨在从单细胞层面刻画脑转移瘤的转录组特征。脑脊液作为中枢神经系统的重要体液，可能携带与肿瘤相关的细胞或分子信息，因此配对采集脑脊液样本有助于在微创条件下获取与脑转移瘤相关的生物学信息。该数据集的主题标签为基因组学，属于肿瘤/其他分类，反映了其在肿瘤基因组学研究中的定位。
【数据内容】
该数据集包含9例脑转移瘤样本的单细胞基因表达数据。其中6例配有匹配的脑脊液样本，采集时间点覆盖手术前，以及两例在手术后（术后1个月）和治疗后（术后3个月）的样本。单细胞基因表达数据通过Chromium Single Cell 5' Library构建，并在Illumina NovaSeq 6000平台上测序。数据内容以单细胞转录组为核心，涉及脑转移瘤组织与脑脊液样本的配对信息。除上述信息外，源站未提供关于细胞数量、基因数量、测序深度、样本具体癌种类型、患者临床信息等更详细的数据内容。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。根据源站描述，共对9例脑转移瘤进行了测序。对于其中6例，采集了匹配的脑脊液样本，采集时间包括手术前，以及两例在手术后（术后1个月）和治疗后（术后3个月）的样本。单细胞基因表达文库使用Chromium Single Cell 5' Library构建，测序在Illumina NovaSeq 6000平台上完成。除上述采集与来源信息外，源站未提供关于样本采集地点、伦理审批、患者入组标准、样本处理流程等更多细节。
【适用场景】
该数据集适用于脑转移瘤单细胞转录组分析、脑脊液与肿瘤组织配对比较、治疗前后动态变化研究等场景。由于包含手术前、手术后及治疗后的脑脊液样本，可用于探索脑脊液作为脑转移瘤生物标志物来源的潜力。单细胞基因表达数据可用于细胞类型鉴定、细胞状态分析、肿瘤异质性研究以及微环境细胞互作分析等。此外，该数据集也可用于方法学验证，例如单细胞数据预处理、批次效应评估或跨样本整合分析。但具体适用场景需结合源站未提供的临床与实验设计信息进一步判断。
【使用方法】
该数据集可通过omicsdi.org获取。使用时应关注单细胞基因表达数据的标准分析流程，包括测序数据质控、比对、表达定量、细胞过滤、降维聚类、细胞类型注释及差异表达分析等。由于包含配对样本，可进行脑转移瘤组织与脑脊液样本的配对比较，以及手术前、手术后和治疗后的纵向比较。分析时需注意样本来源和采集时间点，以正确构建比较组。源站未提供具体的数据格式、文件组织方式、预处理步骤或分析代码，使用前需根据实际获取的数据文件进行确认。
【质量与限制】
该数据集样本量较小，仅包含9例脑转移瘤样本，其中6例配有脑脊液样本，且仅两例具有手术后和治疗后的纵向样本。这一规模可能限制统计功效和结论的普适性。源站未提供测序质量指标、细胞存活率、批次信息、临床随访数据等，可能影响数据质量的全面评估。此外，源站未提供关于样本异质性、癌种来源、治疗具体方案等信息，可能限制对治疗相关变化的解释。使用时应谨慎对待由小样本得出的结论，并结合其他数据或实验验证。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用文献、数据许可协议、使用条款或访问限制等信息。使用者在获取和使用该数据集时，应直接查阅omicsdi.org上该数据集的原始页面，以确认引用要求和许可条件。在未明确许可的情况下，不应假设该数据集可自由用于商业或再分发用途。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006452
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
共对9例脑转移灶进行了测序。其中6/9例采集了术前配对的脑脊液样本，2例采集了术后样本（术后1个月）以及治疗后样本（术后3个月）。使用Chromium Single Cell 5′ Library生成单细胞基因表达，并在Illumina NovaSeq 6000上测序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
