原发性头颈癌基因表达数据集汇编及配套临床数据
我们汇编了30个原发性HNC基因表达数据集及配套临床数据，是HNC领域最大的此类资源。该资源专为识别与两个结局变量相关的基因而构建：患者生存和淋巴结转移（LNM）状态
基本信息
资源简介
原发性头颈癌基因表达数据集汇编及配套临床数据
我们汇编了30个原发性HNC基因表达数据集及配套临床数据，是HNC领域最大的此类资源。该资源专为识别与两个结局变量相关的基因而构建：患者生存和淋巴结转移（LNM）状态
Compendium of primary head and neck cancer gene expression datasets with accompanying clinical data
【数据集背景】
源站首次发布：2023。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：我们汇编了30个原发性HNC基因表达数据集及配套临床数据，是HNC领域最大的此类资源。该资源专为识别与两个结局变量相关的基因而构建：患者生存和淋巴结转移（LNM）状态。Meta分析应用于统一预处理的基因表达数据，如同我们的PRECOG资源（Gentles et al, Nat Med, 2016）。简言之，数据集经过质量控制、归一化、log转换和标准化以计算基因表达谱。临床数据经人工整理，包括生存和LNM状态以及与HNC预后相关的变量，如肿瘤分级、肿瘤亚解剖部位和HPV状态。最终30项清洗后研究包含2,134例HNC肿瘤。1,666例患者（跨17个队列）具有生存结局数据，1,490例患者（21个队列）
【主题与分类】
主题标签：头颈癌、基因表达、meta分析、临床数据、生存分析、淋巴结转移。本站分类：肿瘤。
【获取与许可】
源站页面：https://zenodo.org/record/7679088
使用许可：Creative Commons Attribution 4.0 International。
下载信息
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数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.7679088
标准获取流程：
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 295.0 MB。
数据说明
我们汇编了一个包含30个原发性头颈癌（HNC）基因表达数据集及其伴随临床数据的概要，这是HNC领域最大的此类资源。该资源专门用于识别与两个结局变量相关的基因：患者生存率和淋巴结转移（LNM）状态。我们采用了与PRECOG资源（Gentles等，Nat Med，2016）相同的元分析方法，对统一预处理的基因表达数据进行分析。简而言之，数据集经过质量控制、归一化、对数转换和标准化处理，以计算基因表达谱。临床数据经人工整理，包括生存率和LNM状态，以及与HNC预后相关的变量，如肿瘤分级、肿瘤亚解剖位置和HPV状态。最终纳入的30项 cleaned 研究包含2，134例HNC肿瘤。1，666例患者（来自17个队列）具有生存结局数据，1，490例患者（来自21个队列）具有LNM状态数据。完全处理后的数据集在此提供，作为资源以促进头颈癌基因表达数据的高效元分析。
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