顺铂敏感与耐药睾丸生殖细胞肿瘤转录组应答比较分析
该数据集来自 omicsdi.org，主题为转录组学，聚焦睾丸生殖细胞肿瘤对顺铂的转录应答比较。源站描述显示，研究在三种亲本胚胎癌细胞系及其多种同源稳定顺铂耐药克隆系中，评估了急性顺铂处理（6小时脉冲后24小时）后的全局转录应答，发现亲本细胞在共同基因和通路上总体转录应答更强，涉及组蛋白修饰、p53
基本信息
资源简介
顺铂敏感与耐药睾丸生殖细胞肿瘤转录组应答比较分析
该数据集围绕睾丸生殖细胞肿瘤对顺铂的转录组应答展开比较分析，英文名称为“Comparative analysis of the transcriptomic response to cisplatin in drug-sensitive and drug-resistant testicular germ cell tumors.”，在站内归入肿瘤/其他分类，来源站为omicsdi.org，主题标签为转录组学。睾丸生殖细胞肿瘤即使广泛转移，仍对以顺铂为基础的疗法具有独特可治愈性，但顺铂耐药确实会发生并导致预后极差。为理解肿瘤对顺铂超敏及耐药的机制，研究在三种亲本胚胎癌细胞系及其多种同源、稳定、顺铂耐药的克隆系中，评估了急性顺铂处理后的全局转录应答。整体来看，该数据集聚焦药物敏感与耐药细胞在顺铂作用下的转录组差异比较，属于转录组学层面的肿瘤研究资源。
【数据集背景】
睾丸生殖细胞肿瘤（TGCTs）对顺铂为基础的疗法具有独特可治愈性，即便在广泛转移的情况下也是如此。然而，顺铂耐药确实会出现，并带来非常差的预后。解释TGCT对顺铂超敏的机制以及耐药机制目前尚未被充分理解。该数据集正是针对这一背景，通过比较亲本敏感细胞与同源耐药克隆系在急性顺铂处理后的全局转录应答，为理解敏感性与耐药性差异提供转录组层面的观察基础。
【数据内容】
数据集的核心内容是顺铂处理后敏感与耐药睾丸生殖细胞肿瘤细胞系的全局转录应答比较。研究涉及三种亲本胚胎癌细胞系，以及由这些亲本细胞衍生的多种同源、稳定、顺铂耐药的克隆系。急性顺铂处理的方式为6小时脉冲后24小时进行评估。对亲本细胞的顺铂处理一致显示出，相较于其顺铂耐药的对应细胞，在共同基因和通路上具有更强的总体转录应答，包括与组蛋白修饰、p53、EMT和KRAS相关的基因上调。主题标签为转录组学。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。源站描述说明了研究设计：在三种亲本胚胎癌细胞系与多种同源、稳定、顺铂耐药克隆系之间，比较急性顺铂处理后的全局转录应答；处理条件为6小时顺铂脉冲后24小时。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批及原始数据生成平台等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组学相关研究，尤其是围绕睾丸生殖细胞肿瘤顺铂敏感性与耐药性比较的分析场景。可用于考察亲本敏感细胞与同源耐药克隆系在急性顺铂处理后的全局转录应答差异，关注共同基因和通路层面的应答强度变化，以及组蛋白修饰、p53、EMT和KRAS等相关基因上调现象。也可作为理解TGCT顺铂超敏与耐药机制的研究素材。关于具体的分析流程适配、疾病亚型扩展或临床转化应用，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、文件格式、预处理步骤、标准化流程及分析工具等均未提及。使用者需依据来源站omicsdi.org的公开信息自行确认获取与分析方式。
【质量与限制】
源站描述强调了亲本细胞相较于耐药对应细胞在共同基因和通路上总体转录应答更强这一观察，但未提供样本量、重复数、测序深度、统计显著性阈值或质控指标等质量相关信息。该数据基于细胞系模型，涉及三种亲本胚胎癌细胞系及其同源耐药克隆系，关于其在外推至临床肿瘤样本时的适用性，源站未提供。其他潜在限制，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。使用者应前往omicsdi.org查询相关说明。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE317098
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
睾丸生殖细胞肿瘤（TGCTs）即使广泛转移，采用以顺铂为基础的疗法也独具可治愈性，然而顺铂耐药确实会发生，导致预后极差。解释TGCT对顺铂超敏反应的机制以及耐药机制尚不明确。本研究在三种亲本胚胎性癌TGCT细胞系中评估了急性顺铂处理（6小时顺铂脉冲后24小时）后的全局转录反应，并与来自这些亲本细胞的多个同基因、稳定、顺铂耐药的克隆细胞系进行比较。与顺铂耐药的对应细胞相比，亲本细胞的顺铂处理在一组共同的基因和通路上始终表现出更为强烈的整体转录反应，包括与组蛋白修饰及p53、EMT和KRAS信号相关的基因上调，以及通常由MYC上调的基因下调。聚焦于仅在亲本细胞中改变的基因，发现上调的基因是已知由p53诱导、并由MYC和转铁蛋白受体TFRC1下调的基因。
这些p53/MYC/TFRC1靶点中的若干靶点与TGCT患者队列中较高的无病生存率相关。TGCT细胞中的顺铂耐药性与顺铂响应基因改变减弱有关，尤其是已知受p53、MYC和TFRC1调控的基因，这可能与TGCT中的顺铂超敏反应和生存相关。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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