结直肠癌基因-疾病关联数据集

Name: 结直肠癌基因-疾病关联数据集
Creator: 千方医数集科研发现管道
License: CC BY 4.0

该数据集来自亚利桑那大学 figshare 平台，包含 10 例患者的肿瘤、肿瘤邻近及正常结肠薄切片二次谐波产生（SHG）图像，提供 .tif 与 .czi 两种格式，共 71 个文件

google_dataset

2024-06-05 更新

基因组分类CollagenSecond harmonic generationMultiphoton microscopyColorectal cancerNon-imagingRandom sampling

Colorectal cancer — Gene-Disease Associations

基本信息

模态

基因组

大小

0.077141769 GB

任务类型

分类

许可

CC BY 4.0

创建/更新时间

2024-06-05

版本

资源简介

结直肠癌基因-疾病关联数据集

Colorectal Cancer SHG images

该数据集来自亚利桑那大学 figshare 平台，包含 10 例患者的肿瘤、肿瘤邻近及正常结肠薄切片二次谐波产生（SHG）图像，提供 .tif 与 .czi 两种格式，共 71 个文件。数据覆盖结直肠癌组织与正常组织的胶原纤维成像，可用于研究胶原结构变化与结直肠癌的关系，并支持基于 SHG 图像的随机采样分析（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。

【数据集背景】

源站首次发布：2024-06-05。

【数据内容】

源站描述（机器翻译，仅供参考）：来自 10 例患者的肿瘤、肿瘤邻近及正常结肠薄切片的 SHG 图像，包含 .tif 和 .czi 格式。有关本数据集内容的咨询，请联系 README.txt 文件中列出的通讯作者。行政咨询（例如删除请求、下载困难等）可发送至 data-management@arizona.edu

【数据结构与技术规格】

文件数 71 个，合计 77.14 MB。数据集 DOI：10.25422/azu.data.25768941.v1。

【主题与分类】

源站学科分类：Biomedical imaging、Cancer diagnosis。主题标签：Collagen、Second harmonic generation、Multiphoton microscopy、Colorectal cancer、Non-imaging、Random sampling。本站分类：肿瘤/其他。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Biomedical imaging、Cancer diagnosis。

【获取与许可】

源站页面：https://arizona.figshare.com/articles/dataset/Colorectal_Cancer_SHG_images/25768941

使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。

规范引用：Montague, Jenna Elizabeth; Barton, Jennifer Kehlet (2024). Colorectal Cancer SHG images. University of Arizona Research Data Repository. Dataset

原始链接

https://arizona.figshare.com/articles/dataset/Colorectal_Cancer_SHG_images/25768941

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使用方式

数据集获取（Figshare）

源站标题：Colorectal Cancer SHG images
DOI：10.25422/azu.data.25768941.v1
发布日期：2024-06-05
文件数：71 个
文件总体积：77.14 MB
源站页面：https://arizona.figshare.com/articles/dataset/Colorectal_Cancer_SHG_images/25768941

命令行下载

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curl -L -o "052821_17-322B.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/46792171"
curl -L -o "052821_17-338A.czi" "https://ndownloader.figshare.com/files/46792168"
curl -L -o "052821_17-338A.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/46792156"
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文件清单

README.txt（796 B）
052821_17-302A.czi（1.13 MB）
052821_17-302A.tif（1.09 MB）
052821_17-322B.czi（1.13 MB）
052821_17-322B.tif（1.09 MB）
052821_17-338A.czi（1.10 MB）
052821_17-338A.tif（1.09 MB）
052821_18-002A.czi（1.10 MB）
052821_18-002A.tif（1.09 MB）
052821_18-016B.czi（1.12 MB）
052821_18-016B.tif（1.09 MB）
060121_18-040A.czi（1.12 MB）
060121_18-040A.tif（1.09 MB）
060121_18-051A.czi（1.12 MB）
060121_18-051A.tif（1.09 MB）
060121_18-075A.czi（1.12 MB）
060121_18-075A.tif（1.09 MB）
060721_18-090A.czi（1.13 MB）
060721_18-090A.tif（1.09 MB）
060721_18-106A.czi（1.15 MB）

文件总体积 77.14 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别