Colonomics：结肠癌患者一百对正常-肿瘤样本整合组学数据

资源简介

Colonomics：结肠癌患者一百对正常-肿瘤样本整合组学数据

Colonomics 是一个整合了多组学数据的结直肠癌研究资源，共包含 250 个样本。其中，100 对样本来自结肠癌患者，每对由肿瘤组织与相邻正常组织组成；另有 50 个样本来自健康结肠黏膜供体。针对这些样本，数据集提供了基因分型、DNA 甲基化、基因表达以及微小 RNA（miRNA）表达数据，同时还包括肿瘤样本的拷贝数变异（CNV）数据。此外，42 个肿瘤样本的子集具备全外显子测序数据。所有数据均可通过 Colonomics 官方数据浏览器进行可视化查看。该数据集由 Moreno Aguado, Víctor、Sanz Pamplona, Rebeca 和 Díez Villanueva, Anna 共同贡献，发布于 CORA.Repositori de Dades de Recerca，发布时间为 2022 年。

【数据集背景】

Colonomics 旨在为结肠癌研究提供一个多组学整合的数据平台。结直肠癌的发生发展涉及基因组、表观基因组和转录组等多个层面的改变，单一组学数据往往难以全面揭示其分子机制。该数据集通过收集同一批结肠癌患者的肿瘤与癌旁正常配对样本，以及健康供体的结肠黏膜样本，构建了一个涵盖多种组学层面的资源，有助于研究者从系统层面探索结肠癌的分子特征。数据集名称“Colonomics”即体现了其将结肠癌（colon cancer）与多组学（omics）相结合的定位。

【数据内容】

该数据集包含 250 个样本的多组学数据。具体而言，100 对配对样本来自结肠癌患者，每对包括肿瘤组织和相邻的正常组织；另外 50 个样本来自健康结肠黏膜供体。针对这些样本，数据集提供了以下类型的数据：基因分型数据、DNA 甲基化数据、基因表达数据以及 miRNA 表达数据。此外，对于肿瘤样本，还提供了拷贝数变异（CNV）数据。全外显子测序数据则覆盖了 42 个肿瘤样本的子集。这些数据共同构成了一个多层次的分子图谱，可供研究者分析结肠癌在遗传变异、表观遗传修饰、基因转录和转录后调控等方面的变化。

【采集与来源】

样本来源包括结肠癌患者的肿瘤组织与相邻正常组织，以及健康结肠黏膜供体的组织。数据集由 Moreno Aguado, Víctor、Sanz Pamplona, Rebeca 和 Díez Villanueva, Anna 共同完成，发布于 CORA.Repositori de Dades de Recerca，发布时间为 2022 年。源站为 doi.org，数据集英文全称为“Colonomics: integrative omics data of one hundred paired normal-tumoral samples from colon cancer patients”。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及样本处理流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于结肠癌的多组学整合分析研究。例如，研究者可以利用配对样本比较肿瘤与正常组织在基因表达、DNA 甲基化、miRNA 表达和拷贝数变异等方面的差异；也可以结合基因分型数据探索遗传变异与表达或甲基化变化的关联。全外显子测序数据可用于分析肿瘤样本中的体细胞突变。健康供体样本可作为对照，用于识别结肠癌特异的分子改变。此外，该数据集还可用于开发或验证多组学整合分析方法、识别候选生物标志物或探索结肠癌的分子分型。由于数据可通过官方浏览器可视化，也适合用于教学或初步数据探索。

【使用方法】

用户可以通过 Colonomics 官方网站（https://colonomics.org）访问该数据集，并利用其数据浏览器（https://colonomics.org/data-browser）对数据进行可视化查看。数据集发布于 CORA.Repositori de Dades de Recerca，用户可通过源站 doi.org 获取。关于数据的具体下载方式、文件格式、数据预处理步骤、标准化方法以及分析工具的使用说明，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集包含 250 个样本，其中结肠癌配对样本为 100 对，健康供体样本为 50 个。全外显子测序仅覆盖 42 个肿瘤样本，并非所有样本均具备该数据。关于样本的临床信息、随访数据、数据缺失情况、批次效应、测序深度、覆盖度以及数据质量控制指标，源站未提供。用户在使用时需注意样本量的限制以及不同组学数据覆盖样本范围可能不一致的情况。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Moreno Aguado, Víctor、Sanz Pamplona, Rebeca 和 Díez Villanueva, Anna，发布于 CORA.Repositori de Dades de Recerca，发布时间为 2022 年。关于数据集的引用格式、许可协议、使用条款以及是否允许商业用途等信息，源站未提供。