CHOP PDX COG-N-623x 肾上腺神经母细胞瘤

(CHOP) 男性未提供欧洲白人复发性神经系统癌症未收集 Stage 4 肾上腺未提供 nsg NOD.Cg-Prkdc scid Il2rg tm1Wjl /SzJ 皮下异位组织碎片新鲜 0 指纹图谱, 已验证人类异种移植间高一致性

biostudies

基因组分类肿瘤神经母细胞瘤PDX模型肾上腺复发NSG小鼠皮下移植

[CHOP] [PDX] [COG-N-623x] Adrenal Gland Neuroblastoma

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-10

资源简介

CHOP PDX COG-N-623x 肾上腺神经母细胞瘤

【数据集背景】

该数据集为肾上腺神经母细胞瘤来源的PDX模型，英文名称为[CHOP] [PDX] [COG-N-623x] Adrenal Gland Neuroblastoma。神经母细胞瘤是起源于交感神经系统的胚胎性肿瘤，常发生于肾上腺髓质等部位，患者以儿童为主。该模型由CHOP（Children's Hospital of Philadelphia，费城儿童医院）建立，编号COG-N-623x，属于患者来源异种移植（Patient-Derived Xenograft，PDX）模型。此类模型通过将患者肿瘤组织移植到免疫缺陷小鼠体内，保留原始肿瘤的组织学与分子特征，是研究肿瘤生物学行为、药物敏感性及耐药机制的重要工具。该数据集在来源站被归类于肿瘤/其他类别，来源站为ebi.ac.uk。

【数据内容】

该数据集记录了一位男性患者的肿瘤样本信息。患者种族背景为欧洲白人，疾病诊断为复发性神经系统癌症，具体为Stage 4肾上腺神经母细胞瘤。样本的临床分期为Stage 4，属于高风险或晚期阶段。关于患者年龄、具体治疗方案、既往治疗史等信息，源站未提供。样本类型为组织碎片，状态为新鲜，移植部位为皮下，移植方式为异位移植。宿主小鼠品系为NSG，即NOD.Cg-Prkdc scid Il2rg tm1Wjl /SzJ，该品系为重度免疫缺陷小鼠，缺乏成熟T细胞、B细胞及NK细胞功能，适合用于人类肿瘤异种移植。样本在传代或鉴定过程中标记为第0代，并经过指纹图谱分析与验证，显示人类与异种移植之间具有高一致性。

【采集与来源】

该数据集的来源站为ebi.ac.uk，原始描述中标注了建立机构为CHOP，模型编号为COG-N-623x。样本来源于一位男性患者的肾上腺神经母细胞瘤组织，患者种族为欧洲白人，疾病状态为复发性神经系统癌症，分期为Stage 4。样本以新鲜组织碎片形式采集，随后移植到NSG小鼠皮下进行异位移植。关于具体的采集时间、采集地点、伦理审批信息、患者知情同意情况以及样本处理细节，源站未提供。

【适用场景】

该PDX模型适用于神经母细胞瘤的基础与转化研究。由于模型来源于复发性、Stage 4的肾上腺神经母细胞瘤患者，可用于研究晚期及复发肿瘤的生物学特性。其应用场景包括：评估候选药物的抗肿瘤活性、探索耐药机制、研究肿瘤微环境与宿主相互作用、验证生物标志物，以及开展个体化治疗策略的临床前研究。此外，由于该模型经过指纹图谱验证并显示人类与异种移植间高一致性，也可用于确认模型身份、监测遗传稳定性及开展多组学分析。关于该模型是否已用于特定类型的研究或是否具有某些特殊分子特征，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以PDX模型形式提供，样本为新鲜组织碎片，移植于NSG小鼠皮下。使用时需在适当的生物安全与动物伦理规范下进行。模型可用于体内传代、药物处理实验、肿瘤生长监测及组织采集。由于样本标记为第0代，使用者可能需要根据实验设计进行扩增传代。关于具体的解冻、移植、给药剂量、观察周期及终点指标等操作细节，源站未提供。使用前应参考来源站提供的原始记录及标准PDX操作流程。

【质量与限制】

该模型经过指纹图谱分析与验证，显示人类与异种移植之间具有高一致性，表明模型身份可靠且人源成分明确。宿主小鼠为NSG品系，免疫缺陷程度高，有利于人类肿瘤组织存活与生长。然而，该数据集存在若干限制：患者年龄、具体治疗史、随访信息等临床数据缺失；样本为第0代，传代稳定性及长期遗传漂变情况未知；模型仅代表单一患者，结论外推需谨慎；关于肿瘤的分子分型、基因突变谱、拷贝数变异等信息，源站未提供。此外，异位皮下移植可能无法完全模拟原发器官的微环境。使用时应结合具体研究目的评估适用性。

【引用与许可】

该数据集的来源站为ebi.ac.uk，建立机构为CHOP，模型编号为COG-N-623x。关于数据集的引用格式、许可协议、使用限制、商业用途规定以及是否需要签署材料转移协议等信息，源站未提供。使用者在获取和使用该模型前，应直接查阅来源站的相关页面或联系数据提供方，以确认具体的引用要求与许可条款。

原始链接

https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-CMO9300

访问原始数据

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源站：https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-CMO9300

标准获取流程：

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进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

(CHOP) male Not Provided European White Recurrent Nervous System Cancer not collected Stage 4 adrenal gland not provided nsg NOD.Cg-Prkdc scid Il2rg tm1Wjl /SzJ Subcutaneous Heterotopic Tissue Fragments Fresh 0 Fingerprinting, Validated Human high concordance between xenograft

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别