cBioPortal：上尿路尿路上皮癌（IGBMC，Genome Biology 2021）
数据内容为 30 例上尿路尿路上皮癌患者及其配对正常样本的全外显子测序。可用于肿瘤基因组变异分析、体细胞突变识别及肿瘤与正常样本的对比研究，主题标签为 utuc，DOI 为 pmid:33397444（来源 cBioPortal）
基本信息
资源简介
cBioPortal：上尿路尿路上皮癌（IGBMC，Genome Biology 2021）
cBioPortal 收录的 Upper Tract Urothelial Carcinoma (IGBMC, Genome Biology 2021) 数据集，聚焦于上尿路尿路上皮癌这一相对少见的泌尿系统肿瘤类型。该数据集的核心内容是 30 例上尿路尿路上皮癌患者及其配对正常样本的全外显子测序数据，来源于 cbioportal.org，属于肿瘤领域的其他类目，主题标签为 utuc。整体而言，这一数据集为研究者提供了肿瘤与正常组织配对的基因组测序资源，可用于探索上尿路尿路上皮癌的体细胞突变特征及基因组变异模式，其关联的 DOI 标识为 pmid:33397444，便于在学术文献中定位与引用。
【数据集背景】
上尿路尿路上皮癌是尿路上皮癌的一种亚型，发生于肾盂和输尿管等上尿路部位。该数据集由 IGBMC 相关研究团队产出，并发表于 Genome Biology（2021 年），其标题明确标注了研究机构与发表年份信息。数据集以 cBioPortal 为发布平台，属于肿瘤基因组学研究中针对特定癌种的测序资源。源站未提供更多关于研究动机、疾病流行病学背景或研究假设的细节。
【数据内容】
该数据集包含 30 例上尿路尿路上皮癌患者及其匹配正常样本的全外显子测序结果。所谓配对正常样本，通常指来自同一患者的非肿瘤对照组织，用于区分胚系变异与肿瘤特异的体细胞变异。数据内容围绕全外显子测序展开，覆盖蛋白质编码区及其侧翼区域。主题标签为 utuc，指向其癌种属性。源站未提供具体的突变基因列表、变异频率、样本临床分期或病理分级等细节。
【采集与来源】
数据来源于 cbioportal.org，源站标题为 Upper Tract Urothelial Carcinoma (IGBMC, Genome Biology 2021)。原始研究发表于 Genome Biology，发表年份为 2021 年，研究机构为 IGBMC。DOI 标识为 pmid:33397444，可用于追溯原始文献。源站未提供样本采集地点、采集时间、测序平台型号、测序深度或数据生成的具体流程信息。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤基因组变异分析、体细胞突变识别以及肿瘤与正常样本的对比研究。由于包含配对正常样本，研究者可利用其区分肿瘤组织中的体细胞突变与胚系变异。此外，该数据集可用于上尿路尿路上皮癌的突变谱探索、候选驱动基因筛选以及与其他尿路上皮癌数据集的比较分析。主题标签 utuc 有助于在 cBioPortal 平台内进行癌种相关的检索与整合。源站未提供关于具体分析工具、统计方法或验证实验的适用建议。
【使用方法】
该数据集托管于 cBioPortal 平台，用户可通过 cbioportal.org 访问。通常，cBioPortal 支持在线浏览突变、拷贝数变异及临床数据，并提供数据下载功能。研究者可依据 DOI pmid:33397444 定位原始文献，了解数据生成与分析的详细方法。源站未提供具体的下载格式、文件结构、访问权限或 API 使用说明。
【质量与限制】
该数据集基于 30 例患者及其配对正常样本的全外显子测序，样本量相对有限，可能影响统计功效与结论的普适性。全外显子测序主要覆盖编码区，对非编码区及结构变异的检测能力有限。源站未提供关于数据质量评估、测序深度、覆盖均一性、批次效应或缺失值处理的具体信息。此外，源站未提供临床随访数据、治疗信息或生存结局，因此不适用于直接的临床预后分析。
【引用与许可】
引用该数据集时，应参考其关联的 DOI 标识 pmid:33397444，并注明来源为 cBioPortal。原始研究发表于 Genome Biology（2021 年），标题为 Upper Tract Urothelial Carcinoma (IGBMC, Genome Biology 2021)。源站未提供具体的许可协议、使用条款或数据共享政策，用户在使用前应自行查阅 cBioPortal 平台及原始出版物的相关规定。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://cbioportal.org/study/summary?id=utuc_igbmc_2021
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Whole-exome sequencing of 30 upper-tract urothelial carcinoma patients and their matched normals.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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